Уситњавање хроматина: висока пропусност и бесконтактна прецизност
Уситњавање хроматина је кључни корак у многим радним процесима молекуларне биологије, који омогућава фрагментацију хроматина на фрагменте прецизно одређених величина за примене као што су ChIP и NGS. Соникатор за плоче са више бунарчића UIP400MTP уноси револуцију у овај процес својом бесконтактном технологијом високе пропусности, пружајући ненадмашну ефикасност, поновљивост и очување интегритета узорака. Овај чланак разматра како UIP400MTP поједностављује и унапређује уситњавање хроматина, испуњавајући захтеве савремених истраживања.
Уситњавање хроматина у наукама о животу
Уситњавање хроматина, процес фрагментације хроматина на фрагменте величина погодних за даљи рад, представља неопходан корак у молекуларној биологији, посебно за епигенетичка истраживања, имунопреципитацију хроматина (ChIP) и секвенцирање нове генерације (NGS). Ова техника се користи за изоловање комплекса ДНК и протеина, проучавање модификација хистона и идентификацију протеина који се везују за ДНК. Постизање уједначене и поновљиве фрагментације хроматина кључно је за добијање висококвалитетних података и у великој мери зависи од опреме и метода које се користе током процеса уситњавања.
Традиционалне методе уситњавања хроматина често доносе изазове као што су контаминација узорака, променљиви резултати и неефикасно коришћење времена. Са повећањем обима истраживања, нарочито у условима високе пропусности, расте потражња за иновативним решењима која обезбеђују уједначене резултате код већег броја узорака. Соникатор за плоче са више бунарчића UIP400MTP нуди напредан, бесконтактни приступ високе пропусности, постављајући нови стандард у уситњавању хроматина.
Поједноставите уситњавање хроматина соникатором за плоче са више бунарчића UIP400MTP
Соникатор високе пропусности UIP400MTP издваја се међу техникама уситњавања хроматина, надмашујући традиционалне методе као што су ензимска дигестија и механичко уситњавање. Комбиновањем ефикасности високе пропусности са бесконтактном соникацијом, он пружа супериорну поновљивост, брзину и очување интегритета узорака, што га чини пожељним избором за савремене истраживачке радне процесе.
- Ефикасност при високој пропусности
Способност уређаја UIP400MTP да истовремено обрађује више узорака знатно штеди време и труд. Он уклања потребу за понављаним ручним руковањем узорцима, омогућавајући истраживачима да се усредсреде на накнадне анализе и повећавајући укупну продуктивност. - Бесконтактна соникација за очување интегритета узорака
Бесконтактна соникација не само да штити узорке од контаминације већ и своди ризик од механичког хабања опреме на минимум. Тиме се обезбеђује обрада осетљивих биолошких узорака у контролисаном и стерилном окружењу. - Уједначена фрагментација
Поновљивост је темељ поузданог истраживања. UIP400MTP обезбеђује да сваки бунарчић буде идентично изложен ултразвуку, чиме се добијају уједначени фрагменти хроматина. Ова уједначеност је кључна за експерименте као што су ChIP и NGS, код којих доследност припреме узорака директно утиче на квалитет података. - Скалабилност и флексибилност
UIP400MTP је погодан и за експерименте малог обима и за студије великог обима. Истраживачи могу лако да прилагоде систем различитим запреминама узорака, што га чини свестраним алатом за различите примене. - Смањен ризик од унакрсне контаминације
Традиционалне методе које подразумевају директан контакт, као што је соникација сондом, носе ризик од преношења контаминације са једног узорка на други. Бесконтактни приступ уређаја UIP400MTP елиминише овај ризик, што га чини нарочито погодним за осетљиве примене као што су епигенетичке студије.
Примене уситњавања хроматина помоћу уређаја UIP400MTP
UIP400MTP је идеалан за:
- Имунопреципитацију хроматина (ChIP): Прецизно уситњавање хроматина обезбеђује оптимално везивање антитела за специфичне комплексе ДНК и протеина.
- Секвенцирање нове генерације (NGS): Уједначена фрагментација ДНК кључна је за припрему библиотека за секвенцирање, чиме се обезбеђују висококвалитетна очитавања.
- Проучавање модификација хистона: Уједначена припрема хроматина омогућава истраживачима да анализирају интеракције хистона и ДНК са високом тачношћу.
- Епигенетичка истраживања: UIP400MTP подржава испитивање образаца метилације ДНК и других епигенетичких модификација кроз поновљиву обраду узорака.
Ултразвучни уређаји високих перформанси
- висока ефикасност
- најсавременија технологија
- поузданост и робусност
- подесива, прецизна контрола процеса
- шаржна и проточна обрада
- за било коју запремину
- интелигентан софтвер
- паметне функције (нпр. могућност програмирања, бележење података, даљинско управљање)
- једноставно и безбедно руковање
- мали захтеви за одржавање
- CIP (чишћење на месту)
Пројектовање, производња и консалтинг – квалитет произведен у Немачкој
Ултразвучни уређаји Hielscher познати су по највишим стандардима квалитета и дизајна. Робусност и једноставно руковање омогућавају несметану интеграцију наших ултразвучних уређаја у индустријска постројења. Ултразвучни уређаји Hielscher лако подносе тешке услове и захтевна окружења.
Hielscher Ultrasonics је компанија сертификована према ISO стандардима и посебан нагласак ставља на ултразвучне уређаје високих перформанси који се одликују најсавременијом технологијом и једноставношћу коришћења. Наравно, ултразвучни уређаји Hielscher усаглашени су са CE захтевима и испуњавају захтеве UL, CSA и RoHs.
Табела у наставку даје преглед приближног капацитета обраде наших лабораторијских ултразвучних уређаја:
| Препоручени уређаји | Запремина шарже | Проток |
|---|---|---|
| Соникатор за плоче са 96 бунарчића UIP400MTP | плоче са више бунарчића / микротитарске плоче | n.a. |
| Ултразвучни CupHorn | CupHorn за бочице или лабораторијску чашу | n.a. |
| GDmini2 | ултразвучни микропроточни реактор | n.a. |
| VialTweeter | 0,5 до 1,5mL | n.a. |
| UP100H | 1 до 500mL | 10 до 200mL/min |
| UP200Ht, UP200St | 10 до 1000mL | 20 до 200mL/min |
| UP400St | 10 до 2000mL | 20 до 400mL/min |
| Ултразвучни тресач сита | n.a. | n.a. |
Литература / референце
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Често постављана питања
Шта је фрагментација хроматина?
Фрагментација хроматина је процес разлагања хроматина, комплекса ДНК и протеина, на мање фрагменте погодне за даљи рад. Спроводи се ради олакшавања проучавања интеракција ДНК и протеина, модификација хистона или доступности ДНК у применама молекуларне биологије као што су имунопреципитација хроматина (ChIP) и секвенцирање нове генерације (NGS). Процес обезбеђује фрагментацију хроматина на фрагменте у одређеном опсегу величина, обично физичким методама као што је соникација или ензимском дигестијом, уз очување интегритета комплекса ДНК и протеина за накнадну анализу.
Шта је умрежавање хроматина?
Умрежавање хроматина је биохемијски процес који се користи за стабилизацију интеракција између ДНК и протеина или других молекула повезаних са хроматином. Подразумева употребу средстава за умрежавање, као што је формалдехид, ради стварања ковалентних веза између молекула који међусобно делују, чиме се њихове интеракције ефективно „замрзавају“ у постојећем стању. Ова техника се широко користи у имунопреципитацији хроматина (ChIP) и сродним анализама ради очувања нативне структуре хроматина и олакшавања идентификације интеракција ДНК и протеина или међусобних интеракција протеина током накнадне анализе.
Шта узрокује кондензацију хроматина?
Кондензацију хроматина првенствено узрокују интеракције између хистона и ДНК, као и савијање у структуре вишег реда посредовано везним хистонима (као што је H1), протеинима повезаним са хроматином и епигенетичким модификацијама као што су метилација или деацетилација хистона. Ови фактори подстичу гушће паковање нуклеозома, смањујући доступност ДНК. Ћелијски услови, као што су концентрације јона, и процеси попут ћелијске деобе или утишавања гена такође доприносе кондензацији хроматина.
Hielscher Ultrasonics производи ултразвучне хомогенизаторе високих перформанси од лабораторијских до индустријских величина.


