Смицање хроматина: висока пропусност и бесконтактна прецизност
Скидање хроматина је критичан корак у многим радним токовима молекуларне биологије, омогућавајући фрагментацију хроматина у прецизне величине за апликације као што су ЦхИП и НГС. УИП400МТП соникатор плоча са више јажица револуционише овај процес својом бесконтактном технологијом високе пропусности, нудећи неупоредиву ефикасност, поновљивост и интегритет узорка. Овај чланак истражује како УИП400МТП поједностављује и побољшава смицање хроматина, испуњавајући захтеве савремених истраживања.
Смицање хроматина у наукама о животу
Смицање хроматина, процес фрагментације хроматина у величине којима се може управљати, је суштински корак у молекуларној биологији, посебно за истраживање епигенетике, имунопреципитацију хроматина (ЦхИП) и секвенцирање следеће генерације (НГС). Ова техника се користи за изоловање комплекса ДНК-протеин, проучавање модификација хистона и идентификацију протеина који се везују за ДНК. Постизање доследне и поновљиве фрагментације хроматина је кључно за добијање висококвалитетних података, а то се у великој мери ослања на опрему и методе које се користе током процеса стрижења.
Традиционалне методе смицања хроматина често представљају изазове као што су контаминација узорка, варијабилни резултати и временска неефикасност. Како се истраживање повећава, посебно у окружењима високе пропусности, све је већа потражња за иновативним решењима која обезбеђују доследне резултате у више узорака. УИП400МТП Мулти-велл Плате Соницатор нуди напредан, висок проток и бесконтактни приступ, постављајући нови стандард у смицању хроматина.
Поједноставите смицање хроматина помоћу соникатора за плоче са мутли-велл УИП400МТП
Високопропусни соникатор УИП400МТП истиче се међу техникама смицања хроматина, надмашујући традиционалне методе као што су ензимска дигестија и механичко смицање. Комбинујући ефикасност високе пропусности са бесконтактном соникацијом, нуди супериорну поновљивост, брзину и интегритет узорка, што га чини пожељним избором за модерне истраживачке радне токове.
- Висока пропусна ефикасност
Капацитет УИП400МТП да истовремено обрађује више узорака штеди значајно време и труд. Он елиминише потребу за репетитивним, ручним руковањем узорцима, омогућавајући истраживачима да се фокусирају на низводне анализе и повећавају укупну продуктивност. - Бесконтактна соникација за интегритет узорка
Бесконтактна соникација не само да штити узорке од контаминације, већ и минимизира ризик од механичког хабања опреме. Ово осигурава да се осетљиви биолошки узорци обрађују у контролисаном и стерилном окружењу. - Униформ Фрагментатион
Репродуцибилност је камен темељац поузданог истраживања. УИП400МТП обезбеђује да сваки бунар добије идентично ултразвучно излагање, дајући уједначене фрагменте хроматина. Ова униформност је кључна за експерименте као што су ЦхИП и НГС, где доследност у припреми узорака директно утиче на квалитет података. - Скалабилност и флексибилност
УИП400МТП је погодан и за мале експерименте и за велике студије. Истраживачи могу лако да подесе систем за различите количине узорака, чинећи га разноврсним алатом за различите примене. - Смањен ризик од унакрсне контаминације
Традиционалне методе које укључују директан контакт, као што је соникација сондом, носе ризик од контаминације узорак-узорак. Бесконтактни приступ УИП400МТП елиминише овај ризик, што га чини посебно погодним за осетљиве апликације као што су епигенетске студије.
Примене смицања хроматина са УИП400МТП
УИП400МТП је идеалан за:
- Имунопреципитација хроматина (ЦхИП): Прецизно смицање хроматина обезбеђује оптимално везивање антитела за специфичне комплексе ДНК-протеин.
- Секвенцирање следеће генерације (НГС): Уједначена фрагментација ДНК је критична за припрему библиотеке секвенцирања, обезбеђујући висококвалитетно читање.
- Студије модификације хистона: Конзистентна припрема хроматина омогућава истраживачима да анализирају интеракције хистон-ДНК са високом прецизношћу.
- Епигенетско истраживање: УИП400МТП подржава истраживање образаца метилације ДНК и других епигенетских модификација кроз поновљиву обраду узорака.
Ултрасоникатори високих перформанси
- висока ефикасност
- најсавременија технологија
- поузданост & робусност
- подесива, прецизна контрола процеса
- батцх & у реду
- за било коју запремину
- интелигентни софтвер
- паметне функције (нпр. програмирање, протоколирање података, даљинско управљање)
- једноставан и сигуран за рад
- минимално одржавање
- ЦИП (чишћење на месту)
Дизајн, производња и консалтинг – Квалитет Маде ин Германи
Хиелсцхер ултрасоникатори су познати по свом највишем квалитету и стандардима дизајна. Робусност и једноставан рад омогућавају несметану интеграцију наших ултразвучних апарата у индустријске објекте. Хиелсцхер ултрасоникатори се лако носе са тешким условима и захтевним окружењима.
Хиелсцхер Ултрасоницс је ИСО сертификована компанија и ставља посебан нагласак на ултрасоникаторе високих перформанси са најсавременијом технологијом и једноставношћу за коришћење. Наравно, Хиелсцхер ултрасоникатори су усаглашени са ЦЕ и испуњавају захтеве УЛ, ЦСА и РоХ.
Табела у наставку даје вам индикацију приближног капацитета обраде наших ултразвучних апарата величине лабораторије:
| Препоручени уређаји | Батцх Волуме | Проток |
|---|---|---|
| УИП400МТП 96-бунарски соникатор плоча | плоче са више јажица/микротитар | на |
| Ултрасониц ЦупХорн | ЦупХорн за бочице или чашу | на |
| ГДмини2 | ултразвучни микро-проточни реактор | на |
| ВиалТвеетер | 0.5 до 1.5 мЛ | на |
| УП100Х | 1 до 500 мл | 10 до 200 мл/мин |
| УП200Хт, УП200Ст | 10 до 1000 мл | 20 до 200 мл/мин |
| УП400Ст | 10 до 2000 мл | 20 до 400 мл/мин |
| Ултразвучни шејкер за сито | на | на |
Литература / Референце
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Често постављана питања
Шта је фрагментација хроматина?
Фрагментација хроматина је процес разлагања хроматина, комплекса ДНК и протеина, на мање фрагменте којима се може управљати. Ово је постигнуто да би се олакшало проучавање интеракција ДНК-протеин, модификација хистона или доступности ДНК у апликацијама молекуларне биологије као што су имунопреципитација хроматина (ЦхИП) и секвенцирање следеће генерације (НГС). Процес осигурава да се хроматин фрагментира до одређеног опсега величине, обично путем физичких метода као што су соникација или ензимска дигестија, уз очување интегритета комплекса ДНК-протеин за низводну анализу.
Шта је умрежавање хроматина?
Унакрсно повезивање хроматина је биохемијски процес који се користи за стабилизацију интеракција између ДНК и протеина или других молекула повезаних са хроматином. Укључује употребу агенаса за умрежавање, као што је формалдехид, за стварање ковалентних веза између молекула у интеракцији, ефикасно “смрзавање” њихове интеракције на месту. Ова техника се широко користи у имунопреципитацији хроматина (ЦхИП) и сродним тестовима да би се очувала нативна структура хроматина и олакшала идентификација интеракција ДНК-протеин или протеин-протеин током низводне анализе.
Шта узрокује збијање хроматина?
Компактација хроматина је првенствено узрокована интеракцијама између хистона и ДНК, као и савијањем вишег реда посредовано хистонима линкера (попут Х1), протеинима повезаним са хроматином и епигенетским модификацијама као што су метилација или деацетилација хистона. Ови фактори промовишу чвршће паковање нуклеозома, смањујући доступност ДНК. Ћелијски услови, као што су концентрације јона, и процеси попут ћелијске деобе или утишавања гена, такође доприносе збијању хроматина.
Хиелсцхер Ултрасоницс производи ултразвучне хомогенизаторе високих перформанси од лаб до индустријска величина.




