Фрагментация хроматина: высокая производительность и бесконтактная точность
Фрагментация хроматина – важнейший этап многих рабочих процессов в молекулярной биологии, позволяющий получать фрагменты хроматина точно заданных размеров для таких приложений, как ChIP и NGS. Ультразвуковой аппарат UIP400MTP для многолуночных планшетов революционизирует этот процесс благодаря своей высокопроизводительной бесконтактной технологии, обеспечивая непревзойденную эффективность, воспроизводимость и сохранность образцов. В этой статье рассматривается, как UIP400MTP упрощает и совершенствует фрагментацию хроматина, отвечая требованиям современных исследований.
Фрагментация хроматина в науках о жизни
Фрагментация хроматина, то есть разделение хроматина на фрагменты удобных для работы размеров, является необходимым этапом в молекулярной биологии, особенно в эпигенетических исследованиях, иммунопреципитации хроматина (ChIP) и секвенировании нового поколения (NGS). Этот метод используется для выделения комплексов ДНК–белок, изучения модификаций гистонов и идентификации ДНК-связывающих белков. Стабильная и воспроизводимая фрагментация хроматина имеет решающее значение для получения высококачественных данных и в значительной степени зависит от оборудования и методов, используемых в процессе фрагментации.
Традиционные методы фрагментации хроматина часто сопряжены с такими проблемами, как загрязнение образцов, нестабильные результаты и неэффективное использование времени. По мере увеличения масштабов исследований, особенно в условиях высокопроизводительной обработки, растет потребность в инновационных решениях, обеспечивающих стабильные результаты для множества образцов. Ультразвуковой аппарат UIP400MTP для многолуночных планшетов предлагает передовой, высокопроизводительный и бесконтактный подход, устанавливая новый стандарт фрагментации хроматина.
Оптимизируйте фрагментацию хроматина с помощью ультразвукового аппарата UIP400MTP для многолуночных планшетов
Высокопроизводительный ультразвуковой аппарат UIP400MTP выделяется среди средств фрагментации хроматина, превосходя традиционные методы, такие как ферментативное расщепление и механическая фрагментация. Сочетая эффективность высокопроизводительной обработки с бесконтактной обработкой ультразвуком, он обеспечивает превосходную воспроизводимость, скорость и сохранность образцов, что делает его предпочтительным выбором для современных исследовательских рабочих процессов.
- Эффективность высокопроизводительной обработки
Возможность UIP400MTP обрабатывать несколько образцов одновременно значительно экономит время и усилия. Аппарат устраняет необходимость в повторяющихся ручных операциях с образцами, позволяя исследователям сосредоточиться на последующих анализах и повышая общую производительность. - Бесконтактная обработка ультразвуком для сохранности образцов
Бесконтактная обработка ультразвуком не только защищает образцы от загрязнения, но и сводит к минимуму риск механического износа оборудования. Это обеспечивает обработку чувствительных биологических образцов в контролируемой и стерильной среде. - Равномерная фрагментация
Воспроизводимость – основа надежных исследований. UIP400MTP обеспечивает одинаковое ультразвуковое воздействие на каждую лунку, позволяя получать однородные фрагменты хроматина. Эта равномерность имеет решающее значение для таких экспериментов, как ChIP и NGS, где стабильность подготовки образцов напрямую влияет на качество данных. - Масштабируемость и гибкость
UIP400MTP подходит как для небольших экспериментов, так и для масштабных исследований. Исследователи могут легко настраивать систему для разных объемов образцов, что делает ее универсальным инструментом для различных применений. - Снижение риска перекрестного загрязнения
Традиционные методы, предусматривающие непосредственный контакт, такие как обработка ультразвуком с помощью зонда, несут риск переноса загрязнений между образцами. Бесконтактный подход UIP400MTP устраняет этот риск, что делает аппарат особенно подходящим для чувствительных применений, таких как эпигенетические исследования.
Применение UIP400MTP для фрагментации хроматина
UIP400MTP идеально подходит для:
- Иммунопреципитации хроматина (ChIP): Точная фрагментация хроматина обеспечивает оптимальное связывание антител со специфическими комплексами ДНК–белок.
- Секвенирования нового поколения (NGS): Равномерная фрагментация ДНК имеет решающее значение для подготовки библиотек для секвенирования, обеспечивая высококачественные прочтения.
- Исследований модификаций гистонов: Стабильная подготовка хроматина позволяет исследователям анализировать взаимодействия гистонов с ДНК с высокой точностью.
- Эпигенетических исследований: UIP400MTP позволяет изучать профили метилирования ДНК и другие эпигенетические модификации благодаря воспроизводимой обработке образцов.
Высокоэффективные ультразвуковые аппараты
- высокая эффективность
- самые современные технологии
- надежность и прочность
- регулируемое, точное управление процессом
- периодическая и поточная обработка
- для любого объема
- интеллектуальное программное обеспечение
- интеллектуальные функции (например, программирование, протоколирование данных, дистанционное управление)
- простота и безопасность эксплуатации
- минимальные требования к техническому обслуживанию
- CIP (очистка на месте)
Проектирование, производство и консультирование – качество из Германии
Ультразвуковые аппараты Hielscher хорошо известны высочайшими стандартами качества и проектирования. Прочность и простота эксплуатации позволяют без затруднений интегрировать наши ультразвуковые аппараты в промышленные предприятия. Ультразвуковые аппараты Hielscher легко справляются с суровыми условиями и сложной эксплуатационной средой.
Hielscher Ultrasonics – компания, сертифицированная по ISO, которая уделяет особое внимание высокоэффективным ультразвуковым аппаратам, сочетающим самые современные технологии и удобство использования. Разумеется, ультразвуковые аппараты Hielscher соответствуют требованиям CE и удовлетворяют требованиям UL, CSA и RoHs.
Приведенная ниже таблица дает представление о приблизительной производительности наших лабораторных ультразвуковых аппаратов:
| Рекомендуемые устройства | Объем партии | Расход |
|---|---|---|
| Ультразвуковой аппарат UIP400MTP для 96-луночных планшетов | многолуночные / микротитрационные планшеты | не применимо |
| Ультразвуковой CupHorn | CupHorn для флаконов или лабораторного стакана | не применимо |
| GDmini2 | ультразвуковой микропроточный реактор | не применимо |
| VialTweeter | от 0,5 до 1,5mL | не применимо |
| UP100H | от 1 до 500mL | от 10 до 200mL/min |
| UP200Ht, UP200St | от 10 до 1000mL | от 20 до 200mL/min |
| UP400St | от 10 до 2000mL | от 20 до 400mL/min |
| Ультразвуковой ситовой встряхиватель | не применимо | не применимо |
Литература / Ссылки
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator — Non-Contact Sonicator — Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Часто задаваемые вопросы
Что такое фрагментация хроматина?
Фрагментация хроматина – это процесс разделения хроматина, комплекса ДНК и белков, на более мелкие фрагменты, удобные для работы. Его проводят, чтобы облегчить изучение взаимодействий ДНК с белками, модификаций гистонов или доступности ДНК в таких молекулярно-биологических приложениях, как иммунопреципитация хроматина (ChIP) и секвенирование нового поколения (NGS). Этот процесс обеспечивает фрагментацию хроматина до определенного диапазона размеров, обычно с помощью физических методов, таких как обработка ультразвуком или ферментативное расщепление, сохраняя при этом целостность комплексов ДНК–белок для последующего анализа.
Что такое сшивание хроматина?
Сшивание хроматина – это биохимический процесс, используемый для стабилизации взаимодействий между ДНК и белками или другими молекулами, связанными с хроматином. Он предусматривает использование сшивающих реагентов, таких как формальдегид, для образования ковалентных связей между взаимодействующими молекулами, фактически «замораживая» их взаимодействия. Этот метод широко используется при иммунопреципитации хроматина (ChIP) и в связанных с ней анализах для сохранения нативной структуры хроматина и облегчения выявления взаимодействий ДНК–белок или белок–белок при последующем анализе.
Что вызывает компактизацию хроматина?
Компактизация хроматина обусловлена прежде всего взаимодействиями между гистонами и ДНК, а также формированием структур более высокого порядка, опосредованным линкерными гистонами (такими как H1), белками, связанными с хроматином, и эпигенетическими модификациями, такими как метилирование или деацетилирование гистонов. Эти факторы способствуют более плотной упаковке нуклеосом, снижая доступность ДНК. Внутриклеточные условия, такие как концентрации ионов, и такие процессы, как деление клеток или подавление экспрессии генов, также способствуют компактизации хроматина.
Hielscher Ultrasonics производит высокоэффективные ультразвуковые гомогенизаторы размером от лабораторного до промышленного.


