Образование амилоидных фибрилл с помощью ультразвукового аппарата UIP400MTP Microplate
Амилоидные фибриллы, как и кристаллы, образуются в процессе зарождения и последующего роста. Однако из-за высокого барьера свободной энергии для зарождения спонтанное образование амилоидных фибрилл происходит только после длительной запаздывающей фазы. Ультразвуковая технология стала мощным инструментом для индуцирования амилоидного зародышеобразования, тем самым значительно ускоряя образование фибрилл. В сочетании со считывателем микропланшетов, использующим флуоресценцию тиофлавина T (ThT), ультразвуковое исследование позволяет с высокой пропускной способностью обнаруживать амилоидные фибриллы в нескольких образцах одновременно.
Ультразвуковое индуцированное образование амилоидных фибрилл с помощью ультразвукового аппарата UIP400MTP Microplate Sononicator
С помощью многолуночного ультразвукового аппарата UIP400MTP можно быстро синтезировать амилоидные фибриллы одинакового качества в больших количествах для исследовательских целей. Такой эффективный подход позволяет изучать амилоидогенность белка. Этот метод способствует быстрой и воспроизводимой фибрилляции амилоида, как показано на примере β2-микроглобулина (β2-m), амилоидогенного белка, связанного с амилоидозом, связанным с диализом.
Простой экспериментальный подход: ультразвуковая фибрилляция амилоида
Для индуцирования образования фибрилл в центр UIP400MTP многолуночного ультразвукового аппарата был помещен 96-луночный микропланшет, который обеспечивает равномерное ультразвуковое воздействие на все лунки. Условия эксперимента были следующими:
- Каждая лунка содержала 0,2 мл раствора β2-микроглобулина (0,3 мг/мл, pH 2,5) с добавлением 5 мкМ ThT.
- Пластина подвергалась циклам ультразвука, таким как 1-минутное ультразвуковое исследование с последующей 9-минутной паузой.
- После ультразвуковой обработки флуоресценцию ThT измеряли с помощью считывателя микропланшетов.
(ср. Со и др., 2011)
Сравнение с обычным перемешиванием
По сравнению с традиционными методами перемешивания, ультразвуковая обработка значительно сократила фазу запаздывания образования фибрилл. В обычных условиях встряхивания микропланшетов только в 1 из 10 лунок наблюдалась повышенная флуоресценция ThT через 20 часов. Напротив, при использовании циклической ультразвукизации (15 минут ультразвука с последующим 5 минутами покоя) значительное увеличение флуоресценции ThT было обнаружено сразу после первой обработки ультразвуком.
Быстрое ускорение кинетики фибрилляции
Результаты, полученные в работе So et al. (2011), показали, что спонтанное образование фибрилл β2-микроглобулина при pH 2,5 может быть ускорено с нескольких часов до 10–15 минут с помощью ультразвука.
Изображения атомно-силовой микроскопии (АСМ) подтвердили, что фибриллы, образованные с помощью 10-минутного ультразвука каждые 15 минут, морфологически неотличимы от фибрилл, образованных с помощью 1-минутного ультразвука каждые 10 минут. Это подчеркивает воспроизводимость и надежность ультразвуковой фибрилляции амилоида.
АСМ изображения амилоидных фибрилл, полученные с помощью ультразвукового исследования с точностью до 1 минуты каждые 10 минут (i), с помощью ультразвуковой обработки через 10 минут каждые 15 минут (ii) и с помощью реакции посева без ультразвукового исследования (iii). Белая масштабная линейка соответствует 1 мкм.
Исследование и изображения: ©Со и др., 2011
Фибрилляция при нейтральном pH
Даже в условиях нейтрального pH образование фибрилл было достигнуто с задержкой в 1,5 часа, что свидетельствует о том, что ультразвуковая обработка значительно снижает энергетический барьер для зарождения и роста. Это еще раз подтверждает гипотезу о том, что фибрилляция амилоида является в первую очередь физической реакцией, в значительной степени ограниченной энергетическим барьером зародышеобразования, который ультразвук эффективно сокращает.
Влияние на исследования заболеваний, связанных с амилоидом
Легкое и надежное образование амилоидных фибрилл с помощью ультразвукового аппарата UIP400MTP имеет большое значение для исследований болезни Альцгеймера (БА) и других заболеваний, связанных с амилоидом, таких как болезнь Паркинсона, диабет II типа и системные амилоидозы. При болезни Альцгеймера агрегация амилоид-β (Aβ) является ключевым патологическим признаком, однако изучение кинетики ее фибрилляции остается сложной задачей из-за длительных фаз задержки и вариабельности традиционных методов. Образование фибрилл под действием ультразвука ускоряет зарождение, обеспечивая высокую воспроизводимость и сниженную вариабельность, что имеет решающее значение для скрининга потенциальных ингибиторов и понимания амилоидогенных механизмов. Кроме того, высокая пропускная способность UIP400MTP позволяет проводить крупномасштабные исследования неправильного сворачивания и агрегации белков, способствуя открытию терапевтических агентов, которые могут модулировать образование фибрилл и потенциально смягчать нейродегенеративное прогрессирование.
В этом исследовании установлено, что ультразвуковая обработка с использованием многолуночного ультразвукового аппарата UIP400MTP является высокоэффективным методом ускорения образования амилоидных фибрилл. К ключевым преимуществам такого подхода можно отнести:
- Значительное сокращение времени задержки фибрилляции.
- Равномерное ультразвуковое воздействие на все скважины, обеспечивающее воспроизводимое образование фибрилл.
- Высокая пропускная способность скрининга, что делает его пригодным для полногеномного поиска амилоидогенности белка.
Интегрируя ультразвук с обнаружением флуоресценции ThT, этот метод обеспечивает быструю, масштабируемую и надежную платформу для изучения фибрилляции амилоида. Учитывая его эффективность и высокую пропускную способность, этот подход может способствовать легкому синтезу амилоидных фибрилл для биофизических и фармацевтических исследований, предлагая многообещающий инструмент для исследований, связанных с амилоидом, и скрининга лекарств.
Высокопроизводительная электромагнитная экстракция с 96-луночным ультразвуковым аппаратом для планшетов UIP400MTP
Литература / Литература
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Masatomo So, Hisashi Yagi, Kazumasa Sakurai, Hirotsugu Ogi, Hironobu Naiki, Yuji Goto (2011): Ultrasonication-Dependent Acceleration of Amyloid Fibril Formation. Journal of Molecular Biology, Volume 412, Issue 4, 2011. 568-577.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
Часто задаваемые вопросы
Что такое первичная нуклеация амилоида?
Первичная нуклеация амилоида является начальным, ограничивающим скорость этапом образования амилоидных фибрилл, при котором мономерные белки претерпевают конформационные изменения и самоорганизуются в критическое ядро. Это ядро служит шаблоном для дальнейшей агрегации.
Как образуется фибрилла при амилоидозе?
При амилоидозе неправильно свернутые белки агрегируются посредством зародыше-зависимой полимеризации. Как только ядро формируется, мономеры быстро удлиняются в богатые β листами фибриллы посредством вторичного зародышеобразования и шаблонного роста, что приводит к отложению амилоида.
Что такое полиморфизм амилоидных фибрил?
Полиморфизм амилоидных фибрилл относится к структурным вариациям фибрилл, образованных одним и тем же белком. Различия в морфологии фибрилл, расположении протофиламентов и молекулярной упаковке возникают из-за условий окружающей среды, мутаций или различных путей агрегации.
В чем разница между амилоидными фибриллами и бляшками?
Амилоидные фибриллы представляют собой линейные, богатые β листами белковые агрегаты, в то время как амилоидные бляшки представляют собой внеклеточные отложения агрегированных фибрилл, часто смешанных с липидами, металлами и клеточным мусором, как это наблюдается при нейродегенеративных заболеваниях, таких как болезнь Альцгеймера.
В чем разница между альфа-синуклеином и амилоидом?
Альфа-синуклеин является нейронным белком, участвующим в синаптической функции, но при патологических состояниях он неправильно сворачивается и образует амилоидные фибриллы. “крахмалистый” — это общий термин для неправильно свернутых агрегатов фибриллярных белков, в то время как альфа-синуклеиновые фибриллы специфичны для таких заболеваний, как болезнь Паркинсона.
Что такое протеин фибрилл?
Белковая фибрилла представляет собой высокоупорядоченный, богатый β листами нитевидный агрегат, образованный неправильно свернутыми или частично развернутыми белками. Эти фибриллы, как правило, нерастворимы и образуются в результате полимеризации, зависящей от зародышеобразования. Они связаны с различными патологическими состояниями, включая амилоидозы и нейродегенеративные заболевания (например, болезнь Альцгеймера, болезнь Паркинсона). Тем не менее, некоторые функциональные белковые фибриллы существуют в биологических системах, таких как завитковые волокна у бактерий и шелковые фибриллы у пауков.
Hielscher Ultrasonics производит высокопроизводительные ультразвуковые гомогенизаторы от лаборатория Кому промышленного размера.


