UIP400MTP mikroplate Sonicator yordamida amiloid fibril shakllanishi
Amiloid fibrillalari xuddi kristallarga o'xshab, yadrolanish va keyingi o'sish jarayoni orqali hosil bo'ladi. Biroq, yadrolanishning yuqori erkin energiya to'sig'i tufayli, amiloid fibrilining o'z-o'zidan paydo bo'lishi faqat uzoq muddatli kechikish bosqichidan keyin sodir bo'ladi. Ultrasonikatsiya amiloid nukleatsiyasini qo'zg'atish uchun kuchli vosita sifatida paydo bo'ldi va shu bilan fibril shakllanishini sezilarli darajada tezlashtiradi. Tioflavin T (ThT) floresansidan foydalangan holda mikroplata o'quvchi bilan birlashtirilganda, ultratovush bir vaqtning o'zida bir nechta namunalarda amiloid fibrillalarini yuqori o'tkazuvchanlik bilan aniqlash imkonini beradi.
UIP400MTP mikroplate sonikatori bilan ultratovushli amiloid fibril shakllanishi
UIP400MTP ko'p quduqli plastinka sonikatori yordamida bir xil sifatdagi amiloid fibrillalari katta miqdorda tez sintezlanishi mumkin. Ushbu samarali yondashuv oqsilning amiloidogenligini o'rganish imkonini beradi. Ushbu usul tez va takrorlanadigan amiloid fibrilatsiyasini osonlashtiradi, bu dializ bilan bog'liq amiloidoz bilan bog'liq bo'lgan amiloidogen protein b2-mikroglobulin (b2-m) bilan ko'rsatilgan.
Oddiy eksperimental yondashuv: ultratovushli amiloid fibrilatsiyasi
Fibril hosil bo'lishini qo'zg'atish uchun UIP400MTP ko'p quduqli plastinka sonikatorining markaziga 96 quduqli mikroplastinka joylashtirildi, bu barcha quduqlar bo'ylab yagona ultratovush ta'sirini ta'minlaydi. Tajriba shartlari quyidagicha edi:
- Har bir quduqda 5 mkM ThT bilan to'ldirilgan 0,2 ml b2-mikroglobulin eritmasi (0,3 mg/ml, pH 2,5) mavjud edi.
- Plastinka 1 daqiqali ultratovush, keyin 9 daqiqalik pauza kabi ultratovush sikllariga duchor bo'ldi.
- Post-sonikatsiya, ThT floresansi mikroplastinka o'quvchi yordamida o'lchandi.
(Qarang: So va boshqalar, 2011)
An'anaviy ajitatsiya bilan solishtirish
An'anaviy ajitatsiya usullari bilan solishtirganda, ultratovush fibril shakllanishining kechikish bosqichini keskin qisqartirdi. An'anaviy mikroplastinkalarni silkitish sharoitida 10 quduqdan faqat 1 tasida 20 soatdan keyin ThT floresansining ortishi kuzatildi. Bundan farqli o'laroq, tsiklli ultratovush yordamida (15 daqiqalik sonikatsiyadan so'ng 5 daqiqalik sukunat), birinchi sonikatsiya bilan davolashdan so'ng sezilarli ThT floresansi o'sishi aniqlandi.
Fibrilatsiya kinetikasining tez tezlashishi
So va boshqalardan olingan natijalar. (2011) pH 2,5 da b2-mikroglobulinning o'z-o'zidan fibril shakllanishi ultratovush yordamida bir necha soatdan atigi 10-15 daqiqagacha tezlashishi mumkinligini ko'rsatdi.
Atom kuch mikroskopiyasi (AFM) tasvirlari har 15 daqiqada 10 daqiqali ultratovush orqali hosil bo'lgan fibrillalar har 10 daqiqada 1 daqiqali ultratovush yordamida hosil bo'lgan fibrillalardan morfologik jihatdan farqlanmasligini tasdiqladi. Bu ultratovushli amiloid fibrilatsiyasining takrorlanishi va mustahkamligini ta'kidlaydi.
Har 10 daqiqada 1 daqiqali ultratovush (i), har 15 daqiqada 10 daqiqali sonikatsiya (ii) va ultratovushsiz ekish reaktsiyasi (iii) natijasida hosil bo'lgan amiloid fibrillalarining AFM tasvirlari. Oq shkala satri 1 mkmni bildiradi.
Tadqiqot va tasvirlar: ©So va boshqalar, 2011
Neytral pH sharoitida fibrilatsiya
Neytral pH sharoitida ham fibril hosil bo'lishiga 1,5 soatlik kechikish vaqtidan so'ng erishildi, bu ultrasonikatsiya yadrolanish va o'sish uchun energiya to'sig'ini sezilarli darajada kamaytirishini ko'rsatdi. Bu amiloid fibrilatsiyasi birinchi navbatda jismoniy reaktsiya bo'lib, asosan yadroviy energiya to'sig'i bilan chegaralangan bo'lib, ultrasonikatsiya samarali ravishda kamaytiradi degan gipotezani qo'llab-quvvatlaydi.
Amiloid bilan bog'liq kasalliklar tadqiqotiga ta'siri
UIP400MTP mikroplastinka sonikatoridan foydalangan holda amiloid fibrillalarining oson va ishonchli shakllanishi Altsgeymer kasalligi (AD) tadqiqotlari va Parkinson kasalligi, II turdagi diabet va tizimli amiloidozlar kabi boshqa amiloid bilan bog'liq kasalliklar uchun muhim ahamiyatga ega. ADda amiloid-b (Ab) agregatsiyasi asosiy patologik belgi hisoblanadi, ammo uning fibrilatsiya kinetikasini o'rganish uzoq kechikish fazalari va an'anaviy usullarning o'zgaruvchanligi tufayli qiyin bo'lib qolmoqda. Ultrasonikatsiyaga asoslangan fibril shakllanishi nukleatsiyani tezlashtiradi, yuqori takrorlanuvchanlikni va kamaytirilgan o'zgaruvchanlikni ta'minlaydi, bu potentsial inhibitorlarni tekshirish va amiloidogen mexanizmlarni tushunish uchun juda muhimdir. Bundan tashqari, UIP400MTP ning yuqori o'tkazuvchanlik qobiliyati oqsillarni noto'g'ri qatlamlash va yig'ish bo'yicha keng ko'lamli tadqiqotlarni o'tkazish imkonini beradi, bu fibril shakllanishini modulyatsiya qilish va neyrodegenerativ progressiyani yumshata oladigan terapevtik vositalarni topishga yordam beradi.
Ushbu tadqiqot amiloid fibril shakllanishini tezlashtirish uchun yuqori samarali usul sifatida UIP400MTP ko'p quduqli plastinka sonikatoridan foydalangan holda ultratovushni o'rnatadi. Ushbu yondashuvning asosiy afzalliklari quyidagilardan iborat:
- Fibrilatsiya uchun kechikish vaqtini keskin qisqartirish.
- Barcha quduqlar bo'ylab yagona ultratovush ta'siri, takrorlanadigan fibril shakllanishiga imkon beradi.
- Yuqori o'tkazuvchanlik skrining qobiliyati, bu protein amiloidogenligini genom bo'ylab izlash uchun mos keladi.
Ultrasonikatsiyani ThT floresansini aniqlash bilan birlashtirib, bu usul amiloid fibrilatsiyasini o'rganish uchun tez, kengaytiriladigan va ishonchli platformani ta'minlaydi. Samaradorlik va yuqori o'tkazuvchanlik potentsialini hisobga olgan holda, ushbu yondashuv biofizikaviy va farmatsevtik tadqiqotlar uchun amiloid fibrillalarining oson sintezini osonlashtirishi mumkin, bu esa amiloid bilan bog'liq tadqiqotlar va dori skriningi uchun istiqbolli vositani taklif qiladi.
Yuqori o'tkazuvchanlikdagi EM ekstraktsiyasi 96-quduqli plastinka sonikatori UIP400MTP bilan
Adabiyot / Adabiyotlar
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Masatomo So, Hisashi Yagi, Kazumasa Sakurai, Hirotsugu Ogi, Hironobu Naiki, Yuji Goto (2011): Ultrasonication-Dependent Acceleration of Amyloid Fibril Formation. Journal of Molecular Biology, Volume 412, Issue 4, 2011. 568-577.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
tez-tez so'raladigan savollar
Amiloidning asosiy yadrolanishi nima?
Amiloidning birlamchi yadrolanishi amiloid fibrillasining shakllanishidagi boshlang'ich, tezlikni cheklovchi bosqich bo'lib, bu erda monomerik oqsillar konformatsion o'zgarishlarga uchraydi va kritik yadroga o'z-o'zidan yig'iladi. Ushbu yadro keyingi yig'ish uchun shablon bo'lib xizmat qiladi.
Amiloidozda fibril qanday hosil bo'ladi?
Amiloidozda noto'g'ri qatlamlangan oqsillar yadroga bog'liq polimerizatsiya orqali to'planadi. Yadro hosil bo'lgandan so'ng, monomerlar ikkilamchi yadrolanish va shablonli o'sish orqali b-bargga boy fibrillalarga tez cho'ziladi va bu amiloid konlarini keltirib chiqaradi.
Amiloid fibril polimorfizmi nima?
Amiloid fibril polimorfizmi bir xil oqsil tomonidan hosil bo'lgan fibrillalardagi strukturaviy o'zgarishlarni anglatadi. Fibril morfologiyasi, protofilament joylashuvi va molekulyar o'rashdagi farqlar atrof-muhit sharoitlari, mutatsiyalar yoki turli agregatsiya yo'llari tufayli yuzaga keladi.
Amiloid fibrillalari va blyashka o'rtasidagi farq nima?
Amiloid fibrillalari chiziqli, b-varaqqa boy oqsil agregatlari, amiloid plitalari esa Altsgeymer kabi neyrodegenerativ kasalliklarda ko'rinib turganidek, ko'pincha lipidlar, metallar va hujayra qoldiqlari bilan aralashgan to'plangan fibrillalarning hujayradan tashqari konlaridir.
Alfa-sinuklein va amiloid o'rtasidagi farq nima?
Alfa-sinuklein - bu sinaptik funktsiyada ishtirok etadigan neyron oqsili, ammo patologik sharoitda u noto'g'ri qatlamlanadi va amiloidga o'xshash fibrillalarni hosil qiladi. “amiloid” noto'g'ri katlanmış, fibrilyar oqsil agregatlari uchun umumiy atama, alfa-sinuklein fibrillalari esa Parkinson kasalligi kabi kasalliklarga xosdir.
Protein fibrillasi nima?
Protein fibrillasi noto'g'ri katlanmış yoki qisman ochilgan oqsillardan hosil bo'lgan yuqori tartibli, b-varaqqa boy, filamentli agregatdir. Ushbu fibrillalar odatda erimaydi va yadroga bog'liq polimerizatsiya natijasida paydo bo'ladi. Ular turli patologik sharoitlar, jumladan, amiloidozlar va neyrodegenerativ kasalliklar (masalan, Altsgeymer, Parkinson) bilan bog'liq. Biroq, biologik tizimlarda ba'zi funktsional oqsil tolalari mavjud, masalan, bakteriyalardagi jingalak tolalar va o'rgimchaklardagi ipak tolalari.
Hielscher Ultrasonics kompaniyasi yuqori samarali ultratovushli homogenizatorlarni ishlab chiqaradi laboratoriya uchun sanoat hajmi.


