การเตรียมตัวอย่างปริมาณมากสำหรับการวินิจฉัยไมโทคอนเดรีย
การวินิจฉัยไมโทคอนเดรียในงานวิจัยและในคลินิกดำเนินการโดยใช้เทคนิคต่าง ๆ เช่น การหาลำดับเบส PCR และการทดสอบทางชีวเคมี วิธีการเหล่านี้ใช้เพื่อระบุการกลายพันธุ์ของ DNA และวัดการทำงานของไมโทคอนเดรีย การหาลำดับเบสช่วยตรวจหาการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรม ขณะที่ PCR สามารถวัดปริมาณลำดับ DNA ที่จำเพาะได้ การทดสอบทางชีวเคมีประเมินการทำงานของโปรตีนและเอนไซม์ในไมโทคอนเดรีย
การวินิจฉัยโรคไมโทคอนเดรียมีความยากเป็นพิเศษ เนื่องจากโรคเหล่านี้มีความแปรผันทางคลินิกอย่างมาก อีกทั้งมีปฏิสัมพันธ์ที่ซับซ้อนระหว่างจีโนมสองชนิดที่มีรูปแบบการถ่ายทอดทางพันธุกรรมแตกต่างกัน ได้แก่ DNA ของไมโทคอนเดรีย (mtDNA) และจีโนมของนิวเคลียส
การสกัดและการทำให้ DNA แตกเป็นชิ้นด้วยคลื่นอัลตราซาวนด์
การสกัด DNA จากเนื้อเยื่อกล้ามเนื้อมีประโยชน์เป็นพิเศษเมื่อสงสัยว่ามีการเปลี่ยนแปลงของ mtDNA ที่จำเพาะต่อเนื้อเยื่อ การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้อาจรวมถึงการขาดหายของ mtDNA ในโรคกล้ามเนื้อตาภายนอกเป็นอัมพาตเรื้อรังชนิดดำเนินโรคมากขึ้น (CPEO) การกลายพันธุ์แบบจุดของ mtDNA ในโรคกล้ามเนื้อจากความผิดปกติของไมโทคอนเดรีย หรือการพร่องของ mtDNA ในกลุ่มอาการ Alpers จากนั้น DNA ที่สกัดจากเนื้อเยื่อกล้ามเนื้อสามารถนำไปใช้ในการตรวจทางพันธุกรรมต่าง ๆ เช่น Southern blot และ PCR แบบขยายชิ้นส่วนยาวสำหรับการขาดหาย PCR แบบเรียลไทม์สำหรับการพร่อง หรือการหาลำดับเบสสำหรับการกลายพันธุ์แบบจุด
การใช้คลื่นอัลตราซาวนด์ความเข้มสูงถูกนำไปประยุกต์ใช้หลายด้านในการวินิจฉัยไมโทคอนเดรีย โดยใช้เพื่อสลายเซลล์และสกัดองค์ประกอบภายในเซลล์ เช่น ไมโทคอนเดรียและ DNA เพื่อตัดเฉือน DNA เช่น mtDNA และ nDNA สำหรับการหาลำดับเบส และเพื่อทำให้ตัวอย่างเป็นเนื้อเดียวกัน
เครื่องอัลตราซาวนด์สำหรับเพลต UIP400MTP สำหรับการเตรียมตัวอย่างปริมาณมาก ให้คลื่นอัลตราซาวนด์แก่ตัวอย่างในเพลตหลายหลุมและเพลต 96 หลุมอย่างสม่ำเสมอ
วิธีแยกไมโทคอนเดรียจากเซลล์และเนื้อเยื่อ
การแยกไมโทคอนเดรียประกอบด้วยขั้นตอนสำคัญสองขั้นตอน ได้แก่ การทำลายเซลล์เพื่อปลดปล่อยองค์ประกอบภายใน และการใช้การปั่นเหวี่ยงแบบแยกส่วนเพื่อแยกและเก็บส่วนที่มีไมโทคอนเดรีย
การใช้คลื่นอัลตราซาวนด์
เครื่องอัลตราซาวนด์ Hielscher ใช้ร่วมกับบัฟเฟอร์และชุดสลายเซลล์มาตรฐานได้ จึงเหมาะสำหรับการแยกไมโทคอนเดรีย การใช้คลื่นอัลตราซาวนด์มีวัตถุประสงค์หลักสองประการ:
- การสลายเซลล์: คลื่นอัลตราซาวนด์ทำลายเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้องค์ประกอบภายในเซลล์ถูกปลดปล่อยออกมา
- การทำลายไมโทคอนเดรีย: การใช้คลื่นอัลตราซาวนด์ในขั้นตอนถัดไปสามารถทำให้ไมโทคอนเดรียแตกออก เพื่อปลดปล่อยโปรตีนหรือ DNA ของไมโทคอนเดรีย
- การทำให้ mtDNA แตกเป็นชิ้น: การใช้คลื่นอัลตราซาวนด์เป็นเทคนิคที่เชื่อถือได้ในการตัดเฉือน DNA ของไมโทคอนเดรียสำหรับการหาลำดับเบส
เครื่องอัลตราซาวนด์สำหรับเพลตหลายหลุม UIP400MTP ช่วยให้สามารถเตรียมตัวอย่างไมโทคอนเดรียในปริมาณมากได้ เมื่อใช้ร่วมกับการปั่นเหวี่ยงแบบแยกส่วน การใช้คลื่นอัลตราซาวนด์จะเพิ่มประสิทธิภาพในการแยกไมโทคอนเดรีย โดยทำให้ได้ไมโทคอนเดรียที่ยังคงสมบูรณ์ในปริมาณสูง ซึ่งเหมาะสำหรับการประยุกต์ใช้ต่าง ๆ ในขั้นตอนต่อไป
เครื่องอัลตราซาวนด์สำหรับเพลตหลายหลุม Hielscher UIP400MTP ใช้ได้กับเพลตมาตรฐานทุกชนิด
เครื่องอัลตราซาวนด์สำหรับเพลตหลายหลุม UIP400MTP มีประโยชน์มากมายสำหรับการเตรียมตัวอย่างปริมาณมาก เช่น ในการวินิจฉัยไมโทคอนเดรีย
ตัวอย่างวิธีปฏิบัติสำหรับการทำให้ mtDNA แตกเป็นชิ้นด้วยคลื่นอัลตราซาวนด์
การเตรียมและการสกัด:
- หนู C57BL/6 ถูกทำให้ตายด้วยการทำให้กระดูกคอเคลื่อน
- ตับถูกนำออกมาอย่างรวดเร็วและล้างด้วย PBS ปลอดเชื้อที่เย็นจัดระดับน้ำแข็ง
การแยกไมโทคอนเดรีย:
- ไมโทคอนเดรียถูกแยกโดยใช้เครื่องบดเนื้อเยื่อ Dounce ขนาด 2-mL และชุดแยกไมโทคอนเดรียสำหรับเนื้อเยื่อ
- การปั่นเหวี่ยงเริ่มต้นที่ 700× g และ 3,000× g
- ดำเนินขั้นตอนการล้างเพิ่มเติมอีกสองขั้นตอนด้วยบัฟเฟอร์ C
การแยก DNA:
- ตะกอนจากการปั่นเหวี่ยงครั้งแรกที่ 700× g ถูกนำไปใช้แยก DNA ของนิวเคลียส (nDNA)
- DNA ถูกแยกโดยใช้คอลัมน์แบบปั่นเหวี่ยง
- DNA ของไมโทคอนเดรีย (mtDNA) ถูกสกัดจากไมโทคอนเดรียที่แยกไว้
- DNA ของนิวเคลียส (nDNA) ถูกสกัดจากสารสกัดนิวเคลียสแบบหยาบ โดยทั้งสองชนิดมาจากเนื้อเยื่อตับของหนู
การทำให้ DNA แตกเป็นชิ้น:
- DNA ถูกทำให้แตกเป็นชิ้นบนน้ำแข็งโดยใช้เครื่องอัลตราซาวนด์ UP50H ขนาด 30-kHz/50-W พร้อมโซโนโทรดปลายขนาดเล็ก 0.5-mm ที่ 14 μm เป็นเวลา 2 × 30 วินาที
การแสดงภาพและการวัดปริมาณการแตกเป็นชิ้น:
- การแตกเป็นชิ้นหลังการใช้คลื่นอัลตราซาวนด์ถูกแสดงให้เห็นบนเจลอะกาโรส 1% ด้วยสีย้อม DNA SYBR safe
- ปริมาณสัมพัทธ์ของ mtDNA และ nDNA ถูกวัดด้วย qPCR
(เทียบกับ Mariero et al., 2019)
สำหรับการเตรียมตัวอย่างปริมาณมาก เครื่องอัลตราซาวนด์สำหรับเพลตหลายหลุม UIP400MTP ช่วยให้เตรียมตัวอย่างจำนวนมากในเพลตมาตรฐานชนิด 96 หลุม เพลตหลายหลุม และเพลตไมโครไทเทอร์ได้สะดวก
อ่านเพิ่มเติมเกี่ยวกับข้อดีของการเตรียมตัวอย่างปริมาณมากด้วย UIP400MTP!
คำแนะนำเพื่อการแยกไมโทคอนเดรียที่เหมาะสมที่สุดโดยใช้คลื่นอัลตราซาวนด์:
- การควบคุมอุณหภูมิ: ดำเนินทุกขั้นตอนในช่วงอุณหภูมิ 0°C ถึง 4°C ซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการรักษาความสมบูรณ์และการทำงานของไมโทคอนเดรีย
- ประสิทธิภาพและความรวดเร็ว: ทำงานอย่างรวดเร็วและทำให้ไมโทคอนเดรียบริสุทธิ์เพียงเท่าที่จำเป็นสำหรับการประยุกต์ใช้เฉพาะของคุณ การจัดการมากเกินไปอาจทำให้องค์ประกอบของไมโทคอนเดรียสูญเสียไปอย่างมาก
- การเจือจางสารแขวนลอย: รักษาความเข้มข้นของสารแขวนลอยเซลล์และออร์แกเนลล์ให้ต่ำตลอดกระบวนการแยก ซึ่งช่วยลดความเสี่ยงของการกักติดและการเกาะกลุ่มให้เหลือน้อยที่สุด จึงเพิ่มความบริสุทธิ์ของไมโทคอนเดรียที่แยกได้
- ปริมาตรตัวอย่าง: เลือกเตรียมตัวอย่างขนาดเล็กหลายชุดแทนการเตรียมขนาดใหญ่เพียงชุดเดียว วิธีนี้มักให้ผลผลิตที่ดีกว่า เนื่องจากการเพิ่มขนาดการเตรียมไม่ได้เพิ่มปริมาณไมโทคอนเดรียที่เก็บได้ตามสัดส่วน เครื่องอัลตราซาวนด์สำหรับเพลตหลายหลุม UIP400MTP ช่วยให้การสลายเซลล์เพื่อแยกไมโทคอนเดรีย รวมถึงการสกัดโปรตีนจากไมโทคอนเดรีย เป็นไปอย่างรวดเร็วและเชื่อถือได้
แนวทางเหล่านี้จะทำให้กระบวนการแยกโดยใช้การสลายเซลล์ด้วยคลื่นอัลตราซาวนด์และการปั่นเหวี่ยงมีประสิทธิภาพมากขึ้น โดยให้ไมโทคอนเดรียที่เตรียมได้คุณภาพสูง เหมาะสำหรับการประยุกต์ใช้ในขั้นตอนต่อไป
เครื่องอัลตราซาวนด์ Hielscher – คุณภาพที่ผลิตในเยอรมนี
เครื่องอัลตราซาวนด์ Hielscher เป็นที่รู้จักในด้านคุณภาพและมาตรฐานการออกแบบที่สูงที่สุด ความทนทานและการใช้งานที่ง่ายช่วยให้ผสานเครื่องอัลตราซาวนด์ของเราเข้ากับโรงงานอุตสาหกรรมได้อย่างราบรื่น เครื่องอัลตราซาวนด์ Hielscher รับมือกับสภาวะที่สมบุกสมบันและสภาพแวดล้อมที่มีข้อกำหนดสูงได้อย่างง่ายดาย
Hielscher Ultrasonics เป็นบริษัทที่ได้รับการรับรอง ISO และให้ความสำคัญเป็นพิเศษกับเครื่องอัลตราซาวนด์สมรรถนะสูงที่ใช้เทคโนโลยีล้ำสมัยและใช้งานง่าย แน่นอนว่าเครื่องอัลตราซาวนด์ Hielscher สอดคล้องตามมาตรฐาน CE และเป็นไปตามข้อกำหนดของ UL, CSA และ RoHs
วรรณกรรม / เอกสารอ้างอิง
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
คำถามที่พบบ่อยเกี่ยวกับไมโทคอนเดรียและการวินิจฉัยไมโทคอนเดรีย
ไมโทคอนเดรียคืออะไร?
ไมโทคอนเดรียเป็นออร์แกเนลล์ที่มีเยื่อหุ้ม พบในเซลล์ของสิ่งมีชีวิตยูแคริโอตส่วนใหญ่ ไมโทคอนเดรียเป็นที่รู้จักในฐานะแหล่งผลิตพลังงานของเซลล์ เนื่องจากผลิตพลังงานในรูปของอะดีโนซีนไตรฟอสเฟต (ATP) ผ่านกระบวนการหายใจระดับเซลล์ นอกจากนี้ ไมโทคอนเดรียยังมี DNA ของตนเอง และมีบทบาทสำคัญในกระบวนการอื่น ๆ ของเซลล์ รวมถึงการควบคุมวัฏจักรเซลล์และการตายของเซลล์
mtDNA แตกต่างจาก DNA จีโนมอย่างไร?
DNA ของไมโทคอนเดรีย (mtDNA) แตกต่างจาก DNA จีโนม (gDNA) ในประเด็นสำคัญหลายประการ mtDNA อยู่ในไมโทคอนเดรีย มีลักษณะเป็นวง และถ่ายทอดทางพันธุกรรมจากมารดา ขณะที่ gDNA อยู่ในนิวเคลียสของเซลล์ มีลักษณะเป็นเส้นตรง และถ่ายทอดทางพันธุกรรมจากทั้งบิดาและมารดา mtDNA มีขนาดเล็กกว่ามาก โดยมีรหัสพันธุกรรมสำหรับยีนเพียง 37 ยีน ขณะที่ gDNA มียีนประมาณ 20,000–25,000 ยีน mtDNA มีหลายสำเนาต่อเซลล์ มีอัตราการกลายพันธุ์สูงกว่า และส่วนใหญ่มีรหัสสำหรับโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการทำงานของไมโทคอนเดรีย ในทางตรงกันข้าม gDNA โดยทั่วไปเป็นดิพลอยด์ มีอัตราการกลายพันธุ์ต่ำกว่า และมีรหัสสำหรับยีนหลากหลายจำนวนมากที่จำเป็นต่อการพัฒนาและการทำงานของสิ่งมีชีวิต นอกจากนี้ การถอดรหัสและการแปลรหัสของ mtDNA เกิดขึ้นภายในไมโทคอนเดรีย ขณะที่การถอดรหัสของ gDNA เกิดขึ้นในนิวเคลียส และการแปลรหัสเกิดขึ้นในไซโทพลาซึม ความแตกต่างเหล่านี้สะท้อนถึงบทบาทและต้นกำเนิดทางวิวัฒนาการที่แตกต่างกัน
สารสกัดปราศจากเซลล์คืออะไร?
สารสกัดปราศจากเซลล์เป็นสารละลายที่มีองค์ประกอบจากเซลล์ที่ถูกสลาย รวมถึงโปรตีน กรดนิวคลีอิก และองค์ประกอบอื่น ๆ ของเซลล์ แต่ไม่มีเยื่อหุ้มเซลล์ที่สมบูรณ์ สารสกัดนี้ใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและอณูชีววิทยาเพื่อศึกษากระบวนการของเซลล์ในหลอดทดลอง ช่วยให้นักวิจัยวิเคราะห์ปฏิกิริยาและกลไกต่าง ๆ ภายนอกเซลล์ที่มีชีวิตได้
การตรวจ PCR มีบทบาทอย่างไรในการวินิจฉัยไมโทคอนเดรีย?
การตรวจ PCR มีบทบาทสำคัญอย่างยิ่งในการวินิจฉัยไมโทคอนเดรีย โดยช่วยให้ตรวจพบการกลายพันธุ์ การขาดหาย หรือความแปรผันของจำนวนสำเนาใน DNA ของไมโทคอนเดรีย (mtDNA) การตรวจเหล่านี้ช่วยเพิ่มปริมาณบริเวณที่จำเพาะของ mtDNA เพื่อระบุความแปรผันที่ก่อโรคซึ่งสัมพันธ์กับความผิดปกติของไมโทคอนเดรีย เทคนิคที่อาศัย PCR เช่น PCR เชิงปริมาณ (qPCR) และ PCR แบบขยายชิ้นส่วนยาว ยังใช้ประเมินความสมบูรณ์ของ mtDNA ระดับเฮเทอโรพลาสมี และการพร่องของ mtDNA โดยให้ข้อมูลเชิงลึกที่จำเป็นเกี่ยวกับการทำงานและโรคของไมโทคอนเดรีย
เรียนรู้ว่าเครื่องอัลตราซาวนด์สำหรับไมโครเพลต UIP400MTP ช่วยให้การตรวจและการทดสอบ PCR สะดวกขึ้นได้อย่างไร!
การปั่นเหวี่ยงแบบแยกส่วนคืออะไร?
การปั่นเหวี่ยงแบบแยกส่วนเป็นเทคนิคที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการแยกส่วนประกอบของเซลล์และการแยกไมโทคอนเดรีย วิธีนี้แยกโครงสร้างของเซลล์ตามสัมประสิทธิ์การตกตะกอน ซึ่งขึ้นอยู่กับทั้งความหนาแน่นและรูปร่าง กระบวนการนี้ใช้แรงเหวี่ยงหนีศูนย์กลางในระดับต่าง ๆ กับตัวอย่างในสารละลายเกลือที่มีบัฟเฟอร์และมีความหนาแน่นเฉพาะ โครงสร้างที่มีสัมประสิทธิ์การตกตะกอนใกล้เคียงกันจะตกลงสู่ก้นหลอดเก็บในเวลาเดียวกัน ทำให้สามารถเก็บโครงสร้างเหล่านั้นได้
การปั่นเหวี่ยงแบบแยกส่วนใช้ในการแยกไมโทคอนเดรียอย่างไร?
การปั่นเหวี่ยงแบบแยกส่วนช่วยให้นักวิจัยแยกส่วนที่มีไมโทคอนเดรียออกจากองค์ประกอบอื่น ๆ ของเซลล์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ การแยกไมโทคอนเดรียประกอบด้วยขั้นตอนการปั่นเหวี่ยงหลายขั้นตอน และการเก็บส่วนที่แยกได้ในภายหลัง
การปั่นเหวี่ยงเริ่มต้น: ใช้แรงเหวี่ยงหนีศูนย์กลางต่ำเพื่อทำให้เศษเซลล์ขนาดใหญ่และนิวเคลียสตกตะกอน
การปั่นเหวี่ยงในขั้นตอนถัดไป: เพิ่มแรงเหวี่ยงหนีศูนย์กลางเป็นขั้น ๆ เพื่อทำให้ส่วนที่มีไมโทคอนเดรียในสัดส่วนสูงตกตะกอน การปั่นเหวี่ยงแต่ละขั้นตอนจะกำจัดโครงสร้างที่มีสัมประสิทธิ์การตกตะกอนสูงขึ้นตามลำดับ
การเก็บส่วนที่แยกได้: หลังการปั่นเหวี่ยงแต่ละครั้ง ให้เก็บตะกอน และนำของเหลวเหนือตะกอนไปปั่นด้วยแรง g ที่สูงขึ้นเพื่อแยกส่วนถัดไป ทำซ้ำจนได้ไมโทคอนเดรียที่มีความบริสุทธิ์ตามต้องการ

