Extracellulär matrisextraktion med 96-brunnars Sonicator UIP400MTP

Traditionella extraktionsmetoder för extracellulär matris (EM) involverar ofta flera steg för att störa biofilmmatrisen. Dessa tekniker kan dock vara tidskrävande och inkonsekventa, vilket leder till variation i resultaten. Med 96-brunnars plattsonikator UIP400MTP, underlättas EM-extraktionsprocessen avsevärt, vilket ger mycket effektiv, exakt och enhetlig biofilmstörning i format med hög genomströmning. UIP400MTP använder fokuserat ultraljud för att generera kontrollerad kavitation, vilket effektivt bryter ner biofilmmatrisen samtidigt som livskraften och integriteten hos biofilminbäddade celler bevaras. Genom att använda UIP400MTP förbättras reproducerbarheten och noggrannheten hos nedströmsanalyser, såsom metabolomiska och proteomiska analyser, viabilitetstester och antimikrobiella känslighetsstudier. Genom att effektivisera EM-extraktionen gör UIP400MTP det möjligt för forskare att uppnå konsekventa och högkvalitativa resultat, vilket ger djupare insikter i biofilmens dynamik och interaktioner med externa faktorer.

extracellulär matrisextraktion

Den extracellulära matrisen (EM) är en kritisk komponent i biofilmer som bildas av mikroorganismer som Candida albicans. EM består av polysackarider, proteiner, lipider och extracellulärt DNA och ger strukturell integritet, medierar vidhäftning till ytor och bidrar avsevärt till antimikrobiell resistens. Att extrahera och analysera EM är avgörande för att förstå biofilmens biologi, belysa mekanismer för läkemedelsresistens och identifiera nya terapeutiska mål.

Protokoll för extracellulär matris (EM) extraktion från Candida albicans biofilmer med hjälp av UIP400MTP

Detta protokoll fokuserar på att extrahera den extracellulära matrisen (EM) av statiska Candida albicans biofilmer. Integrera UIP400MTP ultraljudsbehandling för att ersätta traditionella skrapning eller enzymbaserade steg för förbättrad effektivitet och reproducerbarhet.

Material som krävs

Steg-för-steg-instruktioner för EM-extraktion

1. Bildning av statisk biofilm
   För statiska biofilmer, inokulera C. albicans i brunnarna på en platta med 96 brunnar med hjälp av RPMI-1640-medium. Varje brunn bör innehålla en konstant volym inokulum (t.ex. 200 μL per brunn).
   Inkubera plattan vid 37 °C under statiska förhållanden i 24 timmar för att tillåta biofilmbildning på brunnens ytor.
2. Förberedelse av biofilm för extraktion
   Efter inkubationen aspirerar du försiktigt och kasserar det förbrukade mediet från varje brunn utan att störa biofilmen.
   Skölj varje brunn noggrant med steril PBS (t.ex. 200 μL) för att avlägsna löst sittande celler och planktoniskt skräp. Upprepa detta steg två gånger.
   Tillsätt färsk PBS eller extraktionsbufferten (t.ex. 200 μL) till varje brunn för att förbereda för ultraljudsbehandling.
3. Ultraljudsbehandling med UIP400MTP
   Placera 96-hålsplattan som innehåller PBS eller extraktionsbufferten i UIP400MTP sonikatorbrickan. För att placera multibrunnsplattan korrekt, följ instruktionerna i manualen.
   Ultraljudsbehandling i 5-6 minuter vid en skonsam inställning (60% amplitud, pulsläge), vilket säkerställer enhetlig störning av biofilmstruktur och frisättning av EM-komponenter.
   Använd temperaturkontroll av UIP400MTP ultraljudsbehandling (temperatursensor och inställningar) för att undvika överdriven uppvärmning eller provskador.
4. Behandling med katjonbytarharts (CER)
   Överför den sonikerade vätskan från varje brunn till en ny platta med 96 brunnar.
   Tillsätt en tvåfaldig volym CER-suspension (beredd i PBS eller buffert) till varje brunn (t.ex. 400 μl total volym per brunn).
   Försegla plattan och inkubera den på en plattskakare eller rotator vid 400 rpm i 3 timmar för att möjliggöra bindning och isolering av EM-komponenter.
5. Separering och filtrering
   Centrifugera plattan vid 2 000 × g i 10 minuter för att separera hartset och cellerna från supernatanten.
   Överför försiktigt den EM-innehållande supernatanten från varje brunn till en ny platta med 96 brunnar.
   Filtrera supernatanten genom ett 0,22 μm filter med hjälp av ett plattbaserat vakuumgrenrörssystem eller motsvarande för att erhålla ett rent EM-extrakt.
6. Analys av EM
   Använd tekniker som UPLC-Q-TOF-MS för oriktad metabolitprofilering, eller använd specifika analyser (t.ex. BCA för proteiner, triglycerid och kolhydratkvantifieringskit) för att karakterisera EM-komponenter.

Extracellulär matrisextraktion med hög genomströmning

Den höga effektiviteten av extracellulär matris (EM) extraktion med UIP400MTP sonikal sonikator har revolutionerat provberedning för analyser som kräver noggrann analys av biofilmens egenskaper. UIP400MTP använder ultraljudsvågor för att exakt och enhetligt störa biofilmmatrisen, vilket möjliggör effektiv frisättning av EM-komponenter samtidigt som cellviabilitet och integritet bevaras. Detta tillvägagångssätt förbättrar avsevärt tillförlitligheten hos analyser som biofilmviabilitetstester, proteomiska och metabolomiska studier och utvärderingar av antimikrobiell känslighet.

För analyser för återvinning av biofilm, t.ex. räkning av kolonibildande enheter (CFU), säkerställer EM-extraktion med UIP400MTP obehindrad åtkomst för reagenser till biofilminbäddade celler. På samma sätt drar proteomiska och metabolomiska analyser, såsom UPLC-Q-TOF-MS, nytta av den högavkastande isoleringen av proteiner, lipider och metaboliter. Den UIP400MTP stöder också exakt antimikrobiell känslighetstestning, vilket möjliggör noggrann bestämning av MIC- och MBEC-värden för biofilm. Dessutom hjälper den effektiva extraktionen som underlättas av UIP400MTP till vid analyser av enzymaktivitet, komponentkvantifiering och strukturstudier, vilket ger värdefulla insikter om rollen för extracellulära matriser i biofilmarkitektur, vidhäftning och resistensmekanismer.

Denna reproducerbara extraktionsmetod med hög genomströmning optimerar EM-preparationen, vilket säkerställer överlägsna resultat över en rad biofilmsrelaterade analyser.