Метаболомика олакшана соникацијом великог капацитета обраде узорака
Метаболомика је област истраживања која користи технике великог капацитета обраде узорака за карактеризацију и квантификацију малих молекула у различитим биолошким течностима, као што су урин, серум, плазма, фецес и пљувачка, откривајући јединствене метаболичке потписе. Соникатор великог капацитета обраде узорака UIP400MTP, намењен плочама са више бунарчића, моћан је алат за лизу ћелија у овим узорцима, који олакшава ослобађање метаболита за даљу анализу. Овај прецизан и поуздан приступ од суштинског је значаја за метаболомику, у којој су прецизно планирање студије, пажљива припрема узорака, оптимизовано подешавање платформе, свеобухватна анализа података и смислено биолошко тумачење од пресудне важности. Метаболомика користи и циљане приступе, који се усредсређују на одређене класе молекула попут угљених хидрата, липида и аминокиселина, и нециљане технике, које пружају широк преглед метаболичких профила у узорку, откривајући сложеност метаболичке сигнализације.
UIP400MTP је бесконтактни соникатор великог капацитета обраде узорака за лизу ћелија и екстракцију метаболита у плочама са више бунарчића
Припрема великог броја узорака помоћу соникатора за плоче са 96 бунарчића UIP400MTP
Коришћење бесконтактног соникатора UIP400MTP у комбинацији са плочама са 96 бунарчића представља ефикасну методу за хомогенизацију и екстракцију метаболита уз велики капацитет обраде узорака. Оваква поставка избегава директан контакт са узорком, смањујући ризик од унакрсне контаминације током истовремене обраде више узорака.
Протокол хомогенизације помоћу соникатора за плоче са 96 бунарчића UIP400MTP, корак по корак
- Припрема узорака за метаболомичку анализу
Распоређивање узорака: Распоредите сваки узорак (нпр. фецес, цревно ткиво или садржај лумена) у појединачне бунарчиће плоче са 96 бунарчића или микроплоче.
Растварач: Органски растварачи, као што су метанол, етанол, ацетонитрил, хлороформ и њихове (водене) смеше, неопходни су за екстракцију метаболита и помажу ослобађању унутарћелијских метаболита из ћелијског матрикса. Користите 100–300 µL растварача по бунарчићу, обезбеђујући довољну запремину да узорак буде потпуно потопљен.
Интерни стандарди: По жељи додајте интерне стандарде у сваки бунарчић ради нормализације током накнадне метаболомичке анализе. - Припрема медијума за пренос ултразвучне енергије
Ниво воде: Поставите плочу са 96 бунарчића на платформу за соникацију напуњену водом (медијумом за пренос ултразвучне енергије), као што је описано у упутству. - Подешавање параметара уређаја UIP400MTP
Подешавања снаге: Подесите амплитуду ултразвука на 50–80% максималне снаге ради ефикасне хомогенизације.
Импулсни режим: Подесите циклус соникације тако да се импулси смењују са паузама (нпр. 30 секунди УКЉУЧЕНО, 30 секунди ИСКЉУЧЕНО) како би се омогућило хлађење и спречило прегревање узорка.
Укупно време: 4–10 минута, у зависности од сложености и жилавости узорка.
Контрола температуре: Користите лабораторијски расхладни уређај да током соникације одржавате воду на 4–8°C како бисте заштитили метаболите осетљиве на топлоту. - Процес соникације
Покрените UIP400MTP за извођење циклуса соникације.
Пратите процес преко интерфејса уређаја UIP400MTP.
Дејство кавитације хомогенизоваће узорке и изазвати лизу ћелија у бунарчићима, ослобађајући унутарћелијске метаболите у растварач. - Након соникације
Центрифугирање: Након соникације, по потреби пренесите садржај плоче у епрувете за сакупљање. Центрифугирајте при 4.000–6.000 × g током 10 минута да бисте исталожили нерастворљиве остатке и ћелијски материјал.
Сакупљање супернатанта: Пажљиво пренесите супернатант из сваког бунарчића у нове епрувете или плоче за анализу.
Опционо сушење: Ако је потребно концентровање, осушите супернатанте помоћу вакуумског концентратора (нпр. SpeedVac), а затим их поново растворите у малој запремини одговарајућег растварача.
Искористите велики капацитет обраде узорака соникатора за плоче са више бунарчића UIP400MTP и олакшајте своја метаболомичка истраживања и анализе!
Соникатор великог капацитета обраде узорака UIP400MTP за метаболомичка истраживања у плочама са више бунарчића, плочама са 96 бунарчића, епруветама и Петријевим шољама.
Соникатор за плоче са више бунарчића UIP400MTP за припрему великог броја узорака у метаболомичким истраживањима.
Принцип бесконтактне соникације помоћу уређаја UIP400MTP
UIP400MTP преноси ултразвучне таласе до бунарчића плоче са 96 бунарчића посредно, преко медијума за пренос ултразвука (нпр. воде). Ови таласи стварају кавитацију, која разара ћелије и ослобађа метаболите без физичког контакта између сонде соникатора и узорка.
„Пишем вам да бих вам захвалио на изванредном искуству које смо имали користећи ваш соникатор UIP400MTP за равномерну и доследну лизу бактерија у узорцима фекалног микробиома. Померамо границе технологије лизе са великим капацитетом обраде узорака, а ваш инструмент је веома погодан за тај задатак. Неке од кључних предности су:
- Једноставно руковање – инструмент је једноставан за употребу, а прилагођавање је лако помоћу опција у менију
- Велики капацитет обраде узорака – одличан за рад са плочама, са 96 узорака истовремено
- Равномерна соникација свих посуда – уређај је успео да обезбеди исти степен соникације у свим бунарчићима, што је било пресудно за нашу примену
- Подршка тима Hielscher – подршка је била одлична, увек сте били ту за нас током обуке, да одговорите на наша питања и решите проблеме, уз предлоге који су нам помогли да постигнемо циљ.
Још једном вам хвала на помоћи и подршци током нашег рада на оптимизацији протокола.“
Mark D. Driscoll, Ph.D. – главни научни директор – Intus Biosciences
Соникатор за плоче са више бунарчића UIP400MTP олакшава припрему великог броја узорака, нпр. у истраживању и анализи метаболита.
Соникатор за плоче са 96 бунарчића UIP400MTP: течност која преноси ултразвук окружује све бунарчиће и обезбеђује равномерну соникацију сваког узорка
Кључне карактеристике соникатора за плоче са више бунарчића UIP400MTP
| Соникација са великим капацитетом обраде узорака | Савршено погодан за плоче са 96 бунарчића и друге плоче са више бунарчића, UIP400MTP омогућава истовремену, идентичну соникацију више узорака, чиме знатно скраћује трајање припреме узорака и повећава капацитет испитивања великог броја узорака. |
| Користите плочу са више бунарчића по свом избору | UIP400MTP је пројектован за соникацију било којих стандардних плоча са више бунарчића, PCR плоча или микротитарских плоча. Ви бирате плочу која је најпогоднија за ваше експерименте. Пошто UIP400MTP не захтева потрошни материјал одређеног произвођача, то вам доноси велику уштеду! |
| Бесконтактна ултразвучна обрада | Соникатор за плоче са више бунарчића UIP400MTP примењује интензиван ултразвук без уношења било чега у узорак. Можете соницирати заптивене плоче са више бунарчића, затворене посуде и бочице. Hielscher вам испоручује прилагођене држаче узорака за било које нестандардне бочице или посуде. |
| Прецизност и контрола | Прецизна контрола и интелигентан софтвер омогућавају вам да подесите ултразвучне параметре тако да оптимално одговарају вашим специфичним потребама обраде. У сваком експерименту постижете максималну ефикасност и делотворност соникације. |
| Контрола температуре | Подесите одређену температуру за соникацију. Соникатор за плоче UIP400MTP може да прати температуру узорка и у складу с њом прилагођава соникацију. Расхладна течност која рециркулише хлади сваки бунарчић у плочи ради прецизне контроле температуре. |
| Бележење података и даљинско управљање | Сваким циклусом соникације може се управљати са рачунара. Није потребна инсталација софтвера. Можете користити свој уобичајени прегледач (нпр. Chrome, Firefox, Edge или Safari) на било ком оперативном систему (нпр. MacOS, Windows, Android, iOS или Linux) за даљинско управљање уређајем UIP400MTP и праћење његовог рада. За сваки циклус соникације израђује се детаљан запис о соникацији ради процене и документовања. Датотека записа је у отвореном CSV формату, који можете отворити у програму по свом избору, нпр. Microsoft Excel, Apple Numbers или OpenOffice Calc. |
| Робустан и поуздан | Пројектован и произведен у Немачкој према највишим стандардима квалитета, UIP400MTP је моћан и изузетно издржљив. Његова конструкција испуњава индустријске стандарде и лако подноси оптерећења свакодневне употребе у захтевном лабораторијском окружењу. UIP400MTP можете користити непрекидно 24 сата, 7 дана у недељи, за обраду великог броја узорака. |
- висока ефикасност
- најсавременија технологија
- поузданост и робусност
- подесива, прецизна контрола процеса
- интелигентан софтвер
- паметне функције (нпр. могућност програмирања, бележење података, даљинско управљање)
- једноставно и безбедно руковање
- мали захтеви за одржавањем
- CIP (чишћење на месту)
Пројектовање, производња и саветовање – квалитет произведен у Немачкој
Ултразвучни уређаји Hielscher познати су по највишим стандардима квалитета и пројектовања. Робусност и једноставно руковање омогућавају несметану интеграцију наших ултразвучних уређаја у индустријска постројења. Ултразвучни уређаји Hielscher лако подносе тешке услове и захтевна окружења.
Hielscher Ultrasonics је компанија са ISO сертификатом и посебан нагласак ставља на ултразвучне уређаје високих перформанси који се одликују најсавременијом технологијом и једноставном употребом. Наравно, ултразвучни уређаји Hielscher усаглашени су са CE захтевима и испуњавају захтеве UL, CSA и RoHs.
Бесконтактни соникатор UIP400MTP за припрему узорака за метаболомику у микроплочама.
Литература / Референце
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Често постављана питања о метаболомичким истраживањима
Шта је микробиом?
Микробиом означава целокупну заједницу микроорганизама, укључујући бактерије, вирусе, гљиве и археје, као и њихов генетички материјал, који насељавају одређено окружење, као што је људско тело. Он има кључне улоге у здрављу домаћина тако што утиче на метаболизам, имунску функцију и заштиту од патогена, док га истовремено обликују фактори као што су исхрана, начин живота и животна средина.
Шта је метаболомика?
Метаболомика је свеобухватно проучавање метаболита, малих молекула који настају током метаболичких процеса унутар биолошког система. Она обухвата идентификацију, квантификацију и анализу ових молекула ради разумевања ћелијских функција, метаболичких путева и начина на који они реагују на генетичке, срединске или патолошке промене.
Шта је метаболом?
Метаболом је целокупан скуп малих молекула, односно метаболита, присутних у биолошком систему, као што је ћелија, ткиво или организам, у датом тренутку. Он одражава биохемијску активност и физиолошко стање система, пружајући увид у метаболизам и његове интеракције са животном средином.
Hielscher Ultrasonics производи ултразвучне хомогенизаторе високих перформанси од лабораторијских до индустријских размера.