Ekstrakcija zunajceličnega matriksa s sonikatorjem z 96 jamicami UIP400MTP

Tradicionalne metode ekstrakcije zunajcelične matrice (EM) pogosto vključujejo več korakov za prekinitev matriksa biofilma. Vendar pa so te tehnike lahko dolgotrajne in nedosledne, kar vodi do variabilnosti rezultatov. S ploščnim sonikatorjem z 96 jamicami UIP400MTP je postopek ekstrakcije EM znatno olajšan, kar zagotavlja zelo učinkovito, natančno in enakomerno prekinitev biofilma v formatih z visoko zmogljivostjo. UIP400MTP uporablja fokusirani ultrazvok za ustvarjanje nadzorovane kavitacije, ki učinkovito razgrajuje matrico biofilma, hkrati pa ohranja sposobnost preživetja in celovitost celic, vgrajenih v biofilm. Uporaba UIP400MTP povečuje ponovljivost in natančnost nadaljnjih testov, kot so metabolomske in proteomske analize, testi sposobnosti preživetja in študije protimikrobne občutljivosti. Z racionalizacijo ekstrakcije EM UIP400MTP omogoča raziskovalcem, da dosežejo dosledne in visokokakovostne rezultate, ki ponujajo globlji vpogled v dinamiko biofilma in interakcije z zunanjimi dejavniki.

ekstrakcija zunajceličnega matriksa

Zunajcelični matriks (EM) je kritična sestavina biofilmov, ki jih tvorijo mikroorganizmi, kot je Candida albicans. Sestavljen iz polisaharidov, beljakovin, lipidov in zunajcelične DNK, EM zagotavlja strukturno celovitost, posreduje adhezijo na površine in pomembno prispeva k protimikrobni odpornosti. Ekstrakcija in analiza EM je bistvenega pomena za razumevanje biologije biofilma, pojasnitev mehanizmov odpornosti na zdravila in prepoznavanje novih terapevtskih ciljev.

Protokol za ekstrakcijo zunajcelične matrice (EM) iz biofilmov Candida albicans z uporabo UIP400MTP

Ta protokol se osredotoča na ekstrakcijo zunajcelične matrice (EM) statičnih biofilmov Candida albicans. Integracija UIP400MTP sonicatorja, ki nadomešča tradicionalno strganje ali encimske korake za boljšo učinkovitost in ponovljivost.

Potrebni materiali

Navodila po korakih za ekstrakcijo EM

1. Nastajanje statičnega biofilma
   Za statične biofilme inokulirajte C. albicans v vdolbinice plošče z 96 jamicami z uporabo medija RPMI-1640. Vsaka jaminica mora vsebovati konsistenten volumen inokuluma (npr. 200 μl na jamico).
   Ploščo inkubiramo pri 37 °C v statičnih pogojih 24 ur, da omogočimo tvorbo biofilma na površinah vdolbinice.
2. Priprava biofilma za ekstrakcijo
   Po inkubaciji nežno aspirirajte in zavrzite izrabljen medij iz vsake jamice, ne da bi motili biofilm.
   Vsako jamico previdno sperite s sterilnim PBS (npr. 200 μL), da odstranite ohlapno pritrjene celice in ostanke planktonske kisline. Ta korak ponovite dvakrat.
   V vsako jamico dodamo svež PBS ali ekstrakcijski pufer (npr. 200 μL), da se pripravimo na ultrazvočno razbijanje.
3. Sonikacija z UIP400MTP
   Ploščo z 96 jamicami, ki vsebuje PBS ali ekstrakcijski pufer, postavite v pladenj za UIP400MTP sonikatorja. Če želite pravilno namestiti ploščo z več vdolbinicami, upoštevajte navodila v priročniku.
   Sonikirajte 5-6 minut pri nežni nastavitvi (60% amplituda, impulzni način), ki zagotavlja enakomerno prekinitev strukture biofilma in sproščanje EM komponent.
   Uporabite nadzor temperature zvočnega senzorja UIP400MTP (temperaturni senzor in nastavitve), da se izognete prekomernemu segrevanju ali poškodbam vzorca.
4. Obdelava s kationsko izmenjevalno smolo (CER)
   Prenesite ultrazvočno tekočino iz vsake vdolbinice na novo ploščo s 96 vdolbinicami.
   V vsako jamico dodamo dvakratno količino suspenzije CER (pripravljene v PBS ali pufru) (npr. 400 μl skupne prostornine na jamico).
   Ploščo zaprite in jo 3 ure inkubirajte na stresalniku plošč ali rotatorju pri 400 vrtljajih na minuto, da se omogoči vezavo in izolacija komponent EM.
5. Separacija in filtracija
   Ploščo centrifugiramo pri 2 000 × g 10 minut, da ločimo smolo in celice od supernatanta.
   Previdno prenesite supernatant, ki vsebuje EM, iz vsake jamice na novo ploščo z 96 jamicami.
   Supernatant se filtrira skozi 0,22 μm filter z uporabo ploščnega vakuumskega razdelilnega sistema ali enakovrednega sistema, da dobimo čist EM ekstrakt.
6. Analiza EM
   Uporabite tehnike, kot je UPLC-Q-TOF-MS za neciljno profiliranje metabolitov, ali uporabite posebne teste (npr. BCA za beljakovine, trigliceride in komplete za kvantifikacijo ogljikovih hidratov) za karakterizacijo EM komponent.

Visokozmogljiva ekstrakcija zunajcelične matrice

Visoka učinkovitost ekstrakcije zunajcelične matrice (EM) z UIP400MTP sonicatorjem je revolucionirala pripravo vzorcev za teste, ki zahtevajo natančno analizo lastnosti biofilma. UIP400MTP uporablja ultrazvočne valove za natančno in enakomerno prekinitev matrice biofilma, kar omogoča učinkovito sproščanje EM komponent ob ohranjanju sposobnosti preživetja in celovitosti celic. Ta pristop znatno poveča zanesljivost testov, kot so testi sposobnosti preživetja biofilma, proteomske in metabolomske študije ter ocene protimikrobne občutljivosti.

Za teste pridobivanja biofilma, kot je štetje enot za tvorbo kolonij (CFU), ekstrakcija EM s UIP400MTP zagotavlja neoviran dostop reagentov do celic, vgrajenih v biofilm. Podobno proteomske in metabolomske analize, kot je UPLC-Q-TOF-MS, koristijo izolaciji beljakovin, lipidov in metabolitov z visokim donosom. UIP400MTP podpira tudi natančno testiranje protimikrobne občutljivosti, kar omogoča natančno določanje vrednosti biofilma MIC in MBEC. Poleg tega učinkovita ekstrakcija, ki jo omogoča UIP400MTP, pomaga pri testih encimske aktivnosti, kvantifikaciji komponent in strukturnih študijah, kar ponuja dragocen vpogled v vlogo zunajceličnih matrik v arhitekturi biofilma, adheziji in mehanizmih odpornosti.

Ta visoko zmogljiva in ponovljiva metoda ekstrakcije optimizira pripravo EM in zagotavlja vrhunske rezultate v vrsti testov, povezanih z biofilmom.