Metabolomika olakšana ultrazvukom visoke propusnosti
Metabolomika je istraživačko polje koje koristi tehnike visoke propusnosti za karakterizaciju i kvantificiranje malih molekula u različitim biotekućinama, kao što su urin, serum, plazma, izmet i slina, otkrivajući jedinstvene metaboličke potpise. Sonikator UIP400MTP visoke propusnosti, dizajniran za ploče s više jažica, snažan je alat za lizu stanica u ovim uzorcima, olakšavajući otpuštanje metabolita za daljnju analizu. Ovaj precizan i pouzdan pristup ključan je za metabolomiku, gdje su precizan dizajn studije, pedantna priprema uzorka, optimizirana postavka platforme, sveobuhvatna analiza podataka i smislena biološka interpretacija najvažniji. Metabolomika koristi i ciljane pristupe, koji su usredotočeni na specifične klase molekula poput ugljikohidrata, lipida i aminokiselina, i neciljane tehnike, koje daju širok pregled metaboličkih profila unutar uzorka, otkrivajući zamršenu složenost metaboličke signalizacije.
UIP400MTP je beskontaktni sonikator visoke propusnosti za lizu stanica i ekstrakciju metabolita u pločama s više jažica
Visokoučinkovita priprema uzorka s sonikatorom ploča s 96 jažica UIP400MTP
Korištenje beskontaktnog sonikatora UIP400MTP u kombinaciji s pločama s 96 jažica učinkovita je metoda za visokoučinkovitu homogenizaciju i ekstrakciju metabolita. Ova postavka izbjegava izravan kontakt s uzorkom, smanjujući rizik od unakrsne kontaminacije tijekom obrade više uzoraka istovremeno.
Protokol korak po korak za homogenizaciju s sonikatorom s 96 jažica UIP400MTP
- Priprema metabolomskih uzoraka
Postavljanje uzorka: Rasporedite svaki uzorak (npr. izmet, crijevno tkivo ili luminalni sadržaj) u pojedinačne jažice pločice s 96 jažica ili mikropločice.
Otapalo: Organska otapala, kao što su metanol, etanol, acetonitril, kloroform i njihove (vodene) smjese, bitna su za ekstrakciju metabolita, pomažući u oslobađanju unutarstaničnih metabolita iz stanične matrice. Upotrijebite 100–300 µL otapala po jažici, osiguravajući dovoljan volumen za potpuno potapanje uzorka.
Interni standardi: Po izboru, dodajte interne standarde svakoj jažici za normalizaciju tijekom nizvodne metabolomske analize. - Postavljanje medija spojke
Razina vode: Postavite ploču s 96 jažica na platformu za sonikaciju napunjenu vodom (medij za spajanje) kako je opisano u priručniku. - UIP400MTP konfiguracija parametara
Postavke napajanja: Podesite ultrazvučnu amplitudu na 50–80% maksimalne snage za učinkovitu homogenizaciju.
Pulsni način rada: Postavite ciklus ultrazvuka na izmjenične impulse (npr. 30 sekundi UKLJUČENO, 30 sekundi ISKLJUČENO) kako biste omogućili hlađenje i spriječili pregrijavanje uzorka.
Ukupno vrijeme: 4–10 minuta, ovisno o složenosti i žilavosti uzorka.
Kontrola temperature: Upotrijebite laboratorijski rashladni uređaj za održavanje vode na 4–8°C tijekom sonikacije kako biste zaštitili metabolite osjetljive na toplinu. - proces sonikacije
Pokrenite UIP400MTP za cikluse ultrazvuka.
Pratite proces putem UIP400MTP sučelja.
Učinak kavitacije će homogenizirati uzorke i lizirati stanice unutar jažica, oslobađajući unutarstanične metabolite u otapalo. - Postsonication
Centrifugiranje: Nakon sonikacije, premjestite sadržaj ploče u epruvete za prikupljanje ako je potrebno. Centrifugirajte na 4 000–6 000 × g 10 minuta kako biste taložili netopljive ostatke i stanični materijal.
Skupljanje supernatanta: Pažljivo prenesite supernatant iz svake jažice u nove epruvete ili ploče za analizu.
Dodatno sušenje: Osušite supernatante korištenjem vakuumskog koncentratora (npr. SpeedVac) ako je potrebna koncentracija, zatim rekonstituirajte u malom volumenu odgovarajućeg otapala.
Iskoristite kapacitet obrade visoke propusnosti UIP400MTP sonikatora ploča s više jažica i olakšajte svoje metabolomičko istraživanje i analizu!
UIP400MTP sonikator visoke propusnosti za metabolomička istraživanja u pločama s više jažica, pločama s 96 jažica, epruvetama i Petrijevim zdjelicama.
UIP400MTP sonikator ploča s više jažica za pripremu uzorka visoke propusnosti u metabolomičkim istraživanjima.
Princip beskontaktne sonikacije s UIP400MTP
UIP400MTP primjenjuje ultrazvučne valove na jažice ploče s 96 jažica neizravno preko medija za spajanje (npr. vode). Ti valovi stvaraju kavitaciju, koja ometa stanice i oslobađa metabolite bez fizičkog kontakta između sonikatora i uzorka.
“Pišem vam kako bih vam zahvalio na našem fantastičnom iskustvu korištenja vašeg sonikatora UIP400MTP za jednoliku i dosljednu bakterijsku lizu uzoraka fekalnih mikrobioma. Mi širimo okvire za tehnologiju lize visoke propusnosti, a vaš je instrument prikladan za taj zadatak. Neki od ključnih naglasaka su:
- Jednostavnost rada – instrument je jednostavan za korištenje, a prilagodba je jednostavna pomoću izbora izbornika
- Visoka propusnost – odličan za rukovanje pločama, s 96 uzoraka odjednom
- Ravnomjerna sonikacija svih posuda – uređaj je bio u mogućnosti isporučiti istu količinu sonikacije u sve jažice, što je bilo ključno za našu primjenu
- Podrška Hielscher tima – podrška je bila izvrsna, uvijek ste bili tu za nas na obuci, odgovarali na naša pitanja i rješavali probleme, sa prijedlozima koji su nam pomogli da dođemo do našeg cilja.
Još jednom vam zahvaljujemo na vašoj pomoći dok smo radili na optimizaciji naših protokola.”
Mark D. Driscoll, dr. sc. – Glavni znanstveni direktor – Intus Biosciences
Sonikator ploča s više jažica UIP400MTP olakšava pripremu uzorka visoke propusnosti, npr. u istraživanju i analizi metabolita.
Sonikator ploče s 96 jažica UIP400MTP: Tekućina koja prenosi ultrazvuk okružuje sve jažice i omogućuje jednoliku sonikaciju svakog uzorka
Ključne značajke UIP400MTP sonikatora ploča s više jažica
| Sonikacija visoke propusnosti | Savršeno prikladan za 96 jažica i druge ploče s više jažica, UIP400MTP omogućuje istovremenu, identičnu sonikaciju više uzoraka, značajno skraćujući trajanje pripreme uzorka i povećavajući propusnost testiranja velikog broja uzoraka. |
| Upotrijebite ploču s više jažica po svom izboru | UIP400MTP dizajniran je za sonikaciju svih standardnih ploča s više jažica, PCR ploča ili mikrotitarskih ploča. Vi birate tanjur koji je najprikladniji za vaše eksperimente. Budući da UIP400MTP ne zahtijeva vlasnički potrošni materijal, to vam štedi mnogo novca! |
| Beskontaktna ultrazvuk | Multiwell Plate Sonicator UIP400MTP primjenjuje intenzivan ultrazvuk bez umetanja bilo čega u uzorak. Možete sonicirati pločice s više jažica, zatvorene posude i bočice. Hielscher vam isporučuje prilagođene držače uzoraka za sve nestandardne bočice ili posude. |
| Preciznost i kontrola | Precizna kontrola i pametni softver omogućuju vam postavljanje ultrazvučnih parametara tako da optimalno odgovaraju vašim specifičnim potrebama obrade. Dobivate maksimalnu učinkovitost i učinkovitost sonikacije za svaki eksperiment. |
| kontrola temperature | Postavite određenu temperaturu za sonikaciju. Sonikator ploča UIP400MTP može pratiti temperaturu uzorka i prilagoditi sonikaciju u skladu s tim. Recirkulirajuća rashladna tekućina hladi svaku jažicu u ploči radi precizne kontrole temperature. |
| Protokoliranje i daljinsko upravljanje | Svaki rad sonikacije može se kontrolirati s računala. Nije potrebna instalacija softvera. Možete koristiti svoj standardni preglednik (npr. Chrome, Firefox, Edge ili Safari) na bilo kojem operativnom sustavu (npr. MacOS, Windows, Android, iOS ili Linux) za kontrolu i nadzor UIP400MTP na daljinu. Svaki ciklus sonikacije daje detaljan protokol sonikacije za procjenu i dokumentaciju. Datoteka protokola je u nevlasničkom CSV-formatu, koji možete otvoriti pomoću željenog programa, npr. Microsoft Excel, Apple Numbers ili OpenOffice Calc. |
| Robustan i pouzdan | Dizajniran i proizveden u Njemačkoj prema najvišim standardima kvalitete, UIP400MTP nije samo moćan, već je i izuzetno izdržljiv. Njegov dizajn ispunjava industrijske standarde i lako podnosi surovost svakodnevne uporabe u zahtjevnom laboratorijskom okruženju. Možete koristiti UIP400MTP neprekidno 24 sata, 7 dana u tjednu u operacijama visoke propusnosti. |
- visoka efikasnost
- Najnovija tehnologija
- pouzdanost & robusnost
- podesiva, precizna kontrola procesa
- inteligentni softver
- pametne značajke (npr. programabilne, podatkovni protokol, daljinsko upravljanje)
- jednostavan i siguran za rukovanje
- slabo održavanje
- CIP (čišćenje na mjestu)
Projektiranje, proizvodnja i savjetovanje – Kvaliteta Proizvedeno u Njemačkoj
Hielscher ultrasonicators su poznati po svojim najvišim standardima kvalitete i dizajna. Robusnost i jednostavan rad omogućuju glatku integraciju naših ultrazvučnih uređaja u industrijske objekte. Teški uvjeti i zahtjevna okruženja lako se nose s Hielscher ultrasonicators.
Hielscher Ultrasonics je ISO certificirana tvrtka i stavlja poseban naglasak na ultrazvučne uređaje visokih performansi koji sadrže najsuvremeniju tehnologiju i jednostavnu su za korištenje. Naravno, Hielscher ultrasonicators sukladni su CE i ispunjavaju zahtjeve UL, CSA i RoHs.
Beskontaktni sonikator UIP400MTP za pripremu metabolomičkih uzoraka u mikropločicama.
Literatura / Reference
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Često postavljana pitanja o metabolomskim istraživanjima
Što je mikrobiom?
Mikrobiom se odnosi na kolektivnu zajednicu mikroorganizama, uključujući bakterije, viruse, gljivice i arheje, kao i njihov genetski materijal, koji nastanjuju određeni okoliš, kao što je ljudsko tijelo. Igra ključnu ulogu u zdravlju domaćina utječući na metabolizam, imunološku funkciju i zaštitu od patogena, dok ga oblikuju čimbenici poput prehrane, načina života i okoliša.
Što je Metabolomika?
Metabolomika je sveobuhvatna studija o metabolitima, malim molekulama koje nastaju tijekom metaboličkih procesa unutar biološkog sustava. Uključuje identifikaciju, kvantifikaciju i analizu tih molekula kako bi se razumjele stanične funkcije, metabolički putovi i kako reagiraju na genetske, okolišne ili patološke promjene.
Što je Metabolome?
Metabolom je kompletan skup malih molekula ili metabolita, prisutnih unutar biološkog sustava, kao što je stanica, tkivo ili organizam, u određenom trenutku. Odražava biokemijsku aktivnost i fiziološko stanje sustava, pružajući uvid u metabolizam i njegove interakcije s okolinom.
Hielscher Ultrasonics proizvodi ultrazvučne homogenizatore visokih performansi od laboratorija do industrijska veličina.