UIP400MTP Microplate Sonicator istifadə edərək amiloid fibril formalaşması
Amiloid fibrilləri, kristallar kimi, nüvələşmə və sonrakı böyümə prosesi ilə əmələ gəlir. Bununla belə, nüvələşmənin yüksək sərbəst enerji maneəsinə görə, spontan amiloid fibril formalaşması yalnız uzun müddət gecikmə mərhələsindən sonra baş verir. Ultrasonikasiya, amiloid nüvələrinin əmələ gəlməsini stimullaşdırmaq üçün güclü bir vasitə kimi ortaya çıxdı və bununla da fibril formalaşmasını əhəmiyyətli dərəcədə sürətləndirdi. Tioflavin T (ThT) flüoresansından istifadə edən mikroplata oxuyucusu ilə birləşdirildikdə, ultrasəs eyni vaxtda bir neçə nümunədə amiloid fibrillərinin yüksək məhsuldarlıqla aşkarlanmasına imkan verir.
UIP400MTP Mikroplitə Sonicatoru ilə Ultrasəslə İnduksiya Edilmiş Amiloid Fibril Formasiyası
UIP400MTP çox quyulu boşqab sonikatoru ilə böyük miqdarda eyni keyfiyyətli amiloid fibrilləri tədqiqat məqsədləri üçün sürətlə sintez edilə bilər. Bu effektiv yanaşma zülalların amiloidogenliyini öyrənməyə imkan verir. Bu texnika, dializlə əlaqəli amiloidozla əlaqəli amiloidogen zülal olan β2-mikroqlobulin (β2-m) ilə nümayiş etdirildiyi kimi, sürətli və təkrarlana bilən amiloid fibrilasiyasını asanlaşdırır.
Sadə Eksperimental Yanaşma: Ultrasonik Amiloid Fibrilasiyası
Fibril əmələ gəlməsini stimullaşdırmaq üçün UIP400MTP çox quyulu boşqab sonikatorunun mərkəzinə 96 quyulu mikroplata yerləşdirilib ki, bu da bütün quyularda vahid ultrasəs məruz qalmasını təmin edir. Təcrübə şərtləri aşağıdakı kimi idi:
- Hər quyuda 5 μM ThT ilə əlavə edilmiş 0,2 ml β2-mikroqlobulin məhlulu (0,3 mq/ml, pH 2,5) var idi.
- Plaka 1 dəqiqəlik ultrasəsləmə və 9 dəqiqəlik fasilə kimi ultrasəs dövrlərinə məruz qaldı.
- Post-sonikasiya, ThT flüoresansı mikroplate oxuyucusu ilə ölçüldü.
(bax. So et al., 2011)
Adi Ajitasyon ilə Müqayisə
Ənənəvi təşviqat üsulları ilə müqayisədə, ultrasəs fibril formalaşmasının geriləmə mərhələsini kəskin şəkildə azaldır. Adi mikroplatin sarsıntısı şəraitində, 10 quyudan yalnız 1-də 20 saatdan sonra ThT floresansının artması müşahidə edildi. Bunun əksinə olaraq, dövrəli ultrasəsdən istifadə edərək (15 dəqiqə sonikasiya və 5 dəqiqəlik sükunət), ilk sonikasiya müalicəsindən dərhal sonra əhəmiyyətli ThT floresan artımı aşkar edildi.
Fibrilasiya Kinetikasının Sürətli Sürətlənməsi
So et al əldə edilən nəticələr. (2011) göstərdi ki, pH 2.5-də β2-mikroqlobulinin spontan fibril əmələ gəlməsi ultrasəslə bir neçə saatdan cəmi 10-15 dəqiqəyə qədər sürətləndirilə bilər.
Atom qüvvəsi mikroskopiyası (AFM) şəkilləri təsdiqlədi ki, hər 15 dəqiqədən bir 10 dəqiqəlik ultrasəslə əmələ gələn fibrillər hər 10 dəqiqədən bir 1 dəqiqəlik ultrasəslə əmələ gələnlərdən morfoloji cəhətdən fərqlənmir. Bu, ultrasəslə törədilən amiloid fibrilasiyasının təkrar istehsalını və möhkəmliyini vurğulayır.
Hər 10 dəqiqədən bir 1 dəqiqəlik ultrasəslə (i), hər 15 dəqiqədən bir 10 dəqiqəlik sonikasiya ilə (ii) və ultrasəssiz toxumlama reaksiyası ilə (iii) əmələ gələn amiloid fibrillərinin AFM şəkilləri. Ağ miqyas çubuğu 1 μm-i təmsil edir.
Tədqiqat və şəkillər: ©So et al., 2011
Neytral pH Şəraitlərində Fibrilasiya
Neytral pH şəraitində belə, 1,5 saatlıq gecikmədən sonra fibril əmələ gəlməsi əldə edildi, bu ultrasəslənmənin nüvələşmə və böyümə üçün enerji maneəsini əhəmiyyətli dərəcədə aşağı saldığını nümayiş etdirdi. Bu, amiloid fibrilasiyasının əsasən fiziki reaksiya olduğu və ultrasəslənmənin effektiv şəkildə azaldan nüvə enerjisi maneəsi ilə məhdudlaşdığı fərziyyəsini daha da dəstəkləyir.
Amiloidlə əlaqəli Xəstəlik Tədqiqatına Təsir
UIP400MTP mikroplate sonikatorundan istifadə edərək amiloid fibrillərinin asan və etibarlı formalaşması Alzheimer xəstəliyinin (AD) tədqiqatı və Parkinson xəstəliyi, II tip diabet və sistemli amiloidozlar kimi digər amiloidlə əlaqəli xəstəliklər üçün əhəmiyyətli nəticələrə malikdir. AD-də amiloid-β (Aβ) aqreqasiyası əsas patoloji əlamətdir, lakin onun fibrilasiya kinetikasının öyrənilməsi uzun gecikmə fazalarına və ənənəvi metodların dəyişkənliyinə görə çətin olaraq qalır. Ultrasonikasiya ilə idarə olunan fibril formalaşması nüvələşməni sürətləndirir, yüksək reproduktivliyi və azaldılmış dəyişkənliyi təmin edir ki, bu da potensial inhibitorları yoxlamaq və amiloidogen mexanizmləri başa düşmək üçün çox vacibdir. Bundan əlavə, UIP400MTP-nin yüksək məhsuldarlıq qabiliyyəti zülalların yanlış qatlanması və aqreqasiyası ilə bağlı geniş miqyaslı araşdırmalara imkan verir, fibril formalaşmasını modulyasiya edə bilən və neyrodegenerativ inkişafı potensial olaraq azalda bilən terapevtik agentlərin kəşfini asanlaşdırır.
Bu tədqiqat, amiloid fibril əmələ gəlməsini sürətləndirmək üçün yüksək effektiv metod kimi UIP400MTP çox quyulu boşqab sonikatorundan istifadə edərək ultrasəsləşdirmə qurur. Bu yanaşmanın əsas üstünlüklərinə aşağıdakılar daxildir:
- Fibrilasiya üçün gecikmə müddətində dramatik azalma.
- Bütün quyularda vahid ultrasəs məruz qalması, təkrarlana bilən fibril formalaşmasına imkan verir.
- Yüksək məhsuldarlıqlı skrininq qabiliyyəti, onu protein amiloidogenliyinin genom miqyasında axtarışları üçün uyğun edir.
ThT floresan aşkarlanması ilə ultrasəsləşdirməni birləşdirərək, bu üsul amiloid fibrilasiyasını öyrənmək üçün sürətli, genişlənə bilən və etibarlı platforma təmin edir. Səmərəliliyini və yüksək məhsuldarlıq potensialını nəzərə alaraq, bu yanaşma biofiziki və əczaçılıq tədqiqatları üçün amiloid fibrillərinin asan sintezini asanlaşdıra bilər, amiloidlə əlaqəli tədqiqatlar və dərmanların skrininqi üçün perspektivli vasitə təklif edir.
Yüksək məhsuldarlıqlı EM çıxarılması 96 quyu boşqab sonikatoru UIP400MTP ilə
Ədəbiyyat / İstinadlar
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Masatomo So, Hisashi Yagi, Kazumasa Sakurai, Hirotsugu Ogi, Hironobu Naiki, Yuji Goto (2011): Ultrasonication-Dependent Acceleration of Amyloid Fibril Formation. Journal of Molecular Biology, Volume 412, Issue 4, 2011. 568-577.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
Tez-tez soruşulan suallar
Amiloid ilkin nüvələşmə nədir?
Amiloid ilkin nüvələşmə, monomer zülalların konformasiya dəyişikliyinə məruz qaldığı və kritik nüvəyə öz-özünə yığıldığı amiloid fibril əmələ gəlməsinin sürətini məhdudlaşdıran ilkin mərhələdir. Bu nüvə sonrakı birləşmə üçün şablon kimi xidmət edir.
Amiloidozda fibril necə əmələ gəlir?
Amiloidozda səhv qatlanmış zülallar nüvədən asılı polimerləşmə yolu ilə toplanır. Nüvə əmələ gəldikdən sonra monomerlər ikincili nüvələşmə və şablon böyümə yolu ilə β-vərəqlə zəngin fibrillərə sürətlə uzanır və amiloid çöküntülərinə səbəb olur.
Amiloid fibril polimorfizmi nədir?
Amiloid fibril polimorfizmi eyni zülal tərəfindən əmələ gələn fibrillərdəki struktur dəyişikliklərinə aiddir. Fibril morfologiyası, protofilament düzümü və molekulyar qablaşdırmadakı fərqlər ətraf mühit şəraiti, mutasiyalar və ya müxtəlif birləşmə yolları səbəbindən yaranır.
Amiloid fibrilləri ilə lövhələr arasındakı fərq nədir?
Amiloid lifləri xətti, β təbəqə ilə zəngin zülal aqreqatlarıdır, amiloid lövhələri isə Alzheimer kimi neyrodegenerativ xəstəliklərdə göründüyü kimi, tez-tez lipidlər, metallar və hüceyrə zibilləri ilə qarışan yığılmış fibrillərin hüceyrədənkənar yataqlarıdır.
Alpha-Synuclein və Amiloid arasındakı fərq nədir?
Alfa-sinuklein sinaptik funksiyada iştirak edən neyron zülaldır, lakin patoloji şəraitdə yanlış qatlanır və amiloidə bənzər fibrillər əmələ gətirir. “amiloid” səhv qatlanmış, fibrilyar zülal aqreqatları üçün ümumi termindir, alfa-sinuklein fibrilləri isə Parkinson kimi xəstəliklərə xasdır.
Protein fibril nədir?
Zülal fibrili səhv qatlanmış və ya qismən açılmış zülallar tərəfindən əmələ gələn yüksək nizamlı, β-vərəqlə zəngin, filamentvari aqreqatdır. Bu fibrillər adətən həll olunmur və nüvədən asılı polimerləşmə nəticəsində yaranır. Onlar amiloidozlar və neyrodegenerativ xəstəliklər (məsələn, Alzheimer, Parkinson) daxil olmaqla müxtəlif patoloji şərtlərlə əlaqələndirilir. Bununla belə, bəzi funksional protein lifləri bioloji sistemlərdə mövcuddur, məsələn, bakteriyalarda qıvrım lifləri və hörümçəklərdə ipək lifləri.
Hielscher Ultrasonics yüksək performanslı ultrasəs homogenizatorları istehsal edir laboratoriya üçün sənaye ölçüsü.


