Kromatinskjuvning: hög provgenomströmning och beröringsfri precision
Kromatinskjuvning är ett avgörande steg i många molekylärbiologiska arbetsflöden och möjliggör fragmentering av kromatin till exakta storlekar för tillämpningar som ChIP och NGS. Ultraljudsapparaten UIP400MTP för flerbrunnsplattor revolutionerar denna process med sin beröringsfria teknik för hög provgenomströmning och erbjuder oöverträffad effektivitet, reproducerbarhet och provintegritet. Den här artikeln undersöker hur UIP400MTP förenklar och förbättrar kromatinskjuvning och uppfyller den moderna forskningens krav.
Kromatinskjuvning inom biovetenskaperna
Kromatinskjuvning, processen där kromatin fragmenteras till hanterbara storlekar, är ett grundläggande steg inom molekylärbiologin, särskilt inom epigenetisk forskning, kromatinimmunoprecipitation (ChIP) och nästa generations sekvensering (NGS). Denna teknik används för att isolera DNA-proteinkomplex, studera histonmodifieringar och identifiera DNA-bindande proteiner. Enhetlig och reproducerbar kromatinfragmentering är avgörande för att erhålla data av hög kvalitet, och detta är i hög grad beroende av den utrustning och de metoder som används under skjuvningsprocessen.
Traditionella metoder för kromatinskjuvning medför ofta utmaningar som provkontaminering, varierande resultat och ineffektiv tidsanvändning. När forskningen skalas upp, särskilt i miljöer med hög provgenomströmning, ökar efterfrågan på innovativa lösningar som säkerställer enhetliga resultat för flera prover. Ultraljudsapparaten UIP400MTP för flerbrunnsplattor erbjuder en avancerad, beröringsfri metod med hög provgenomströmning och sätter en ny standard för kromatinskjuvning.
Effektivisera kromatinskjuvningen med ultraljudsapparaten UIP400MTP för flerbrunnsplattor
Ultraljudsapparaten UIP400MTP med hög provgenomströmning utmärker sig bland teknikerna för kromatinskjuvning och överträffar traditionella metoder som enzymatisk nedbrytning och mekanisk skjuvning. Genom att kombinera effektivitet vid hög provgenomströmning med beröringsfri ultraljudsbehandling erbjuder den överlägsen reproducerbarhet, snabbhet och provintegritet, vilket gör den till ett föredraget val för moderna forskningsarbetsflöden.
- Effektivitet vid hög provgenomströmning
Kapaciteten hos UIP400MTP att behandla flera prover samtidigt sparar avsevärt med tid och arbete. Den eliminerar behovet av upprepad, manuell provhantering, vilket gör det möjligt för forskare att fokusera på efterföljande analyser och ökar den totala produktiviteten. - Beröringsfri ultraljudsbehandling för provintegritet
Beröringsfri ultraljudsbehandling skyddar inte bara proverna från kontaminering utan minimerar också risken för mekaniskt slitage på utrustningen. Detta säkerställer att känsliga biologiska prover behandlas i en kontrollerad och steril miljö. - Enhetlig fragmentering
Reproducerbarhet är en hörnsten i tillförlitlig forskning. UIP400MTP säkerställer att varje brunn utsätts för identisk ultraljudsexponering, vilket ger enhetliga kromatinfragment. Denna enhetlighet är avgörande för experiment som ChIP och NGS, där enhetlig provberedning direkt påverkar datakvaliteten. - Skalbarhet och flexibilitet
UIP400MTP lämpar sig både för småskaliga experiment och storskaliga studier. Forskare kan enkelt anpassa systemet till olika provvolymer, vilket gör det till ett mångsidigt verktyg för olika tillämpningar. - Minskad risk för korskontaminering
Traditionella metoder som innefattar direktkontakt, till exempel ultraljudsbehandling med sond, medför en risk för kontaminering mellan prover. Den beröringsfria metoden hos UIP400MTP eliminerar denna risk, vilket gör den särskilt lämplig för känsliga tillämpningar som epigenetiska studier.
Tillämpningar för kromatinskjuvning med UIP400MTP
UIP400MTP är idealisk för:
- Kromatinimmunoprecipitation (ChIP): Precis skjuvning av kromatin säkerställer optimal bindning av antikroppar till specifika DNA-proteinkomplex.
- Nästa generations sekvensering (NGS): Enhetlig fragmentering av DNA är avgörande vid beredning av sekvenseringsbibliotek och säkerställer sekvensavläsningar av hög kvalitet.
- Studier av histonmodifieringar: Enhetlig kromatinberedning gör det möjligt för forskare att analysera histon-DNA-interaktioner med hög noggrannhet.
- Epigenetisk forskning: UIP400MTP stöder undersökning av DNA-metyleringsmönster och andra epigenetiska modifieringar genom reproducerbar provbehandling.
Högpresterande ultraljudsapparater
- hög effektivitet
- den senaste tekniken
- tillförlitlighet & robusthet
- justerbar, exakt processtyrning
- satsvis & inline
- för alla volymer
- intelligent programvara
- smarta funktioner (t.ex. programmerbarhet, dataloggning, fjärrstyrning)
- enkel och säker att använda
- lågt underhållsbehov
- CIP (rengöring på plats)
Konstruktion, tillverkning och rådgivning – kvalitet tillverkad i Tyskland
Hielschers ultraljudsapparater är välkända för sina högsta kvalitets- och konstruktionsstandarder. Robusthet och enkel användning gör det möjligt att smidigt integrera våra ultraljudsapparater i industrianläggningar. Hielschers ultraljudsapparater hanterar enkelt tuffa förhållanden och krävande miljöer.
Hielscher Ultrasonics är ett ISO-certifierat företag och lägger särskild vikt vid högpresterande ultraljudsapparater med den senaste tekniken och användarvänlighet. Självklart är Hielschers ultraljudsapparater CE-kompatibla och uppfyller kraven i UL, CSA och RoHs.
Tabellen nedan ger en indikation på den ungefärliga behandlingskapaciteten hos våra ultraljudsapparater i laboratorieskala:
| Rekommenderade apparater | Satsvolym | Flöde |
|---|---|---|
| Ultraljudsapparaten UIP400MTP för 96-brunnsplattor | flerbrunns- / mikrotiterplattor | n.a. |
| Ultraljudsapparaten CupHorn | CupHorn för provflaskor eller bägare | n.a. |
| GDmini2 | mikroflödesreaktor med ultraljud | n.a. |
| VialTweeter | 0,5 till 1,5mL | n.a. |
| UP100H | 1 till 500mL | 10 till 200mL/min |
| UP200Ht, UP200St | 10 till 1000mL | 20 till 200mL/min |
| UP400St | 10 till 2000mL | 20 till 400mL/min |
| Ultraljudssiktskakare | n.a. | n.a. |
Litteratur / referenser
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Vanliga frågor
Vad är kromatinfragmentering?
Kromatinfragmentering är processen där kromatin, ett komplex av DNA och proteiner, bryts ned till mindre, hanterbara fragment. Detta görs för att underlätta studier av DNA-proteininteraktioner, histonmodifieringar eller DNA:s tillgänglighet i molekylärbiologiska tillämpningar som kromatinimmunoprecipitation (ChIP) och nästa generations sekvensering (NGS). Processen säkerställer att kromatinet fragmenteras till ett specifikt storleksintervall, vanligtvis genom fysikaliska metoder som ultraljudsbehandling eller enzymatisk nedbrytning, samtidigt som DNA-proteinkomplexens integritet bevaras för efterföljande analys.
Vad är tvärbindning av kromatin?
Tvärbindning av kromatin är en biokemisk process som används för att stabilisera interaktioner mellan DNA och proteiner eller andra kromatinassocierade molekyler. Den innefattar användning av tvärbindningsmedel, till exempel formaldehyd, för att skapa kovalenta bindningar mellan interagerande molekyler och därigenom effektivt ”frysa” deras interaktioner på plats. Denna teknik används i stor utsträckning vid kromatinimmunoprecipitation (ChIP) och relaterade analyser för att bevara den naturliga kromatinstrukturen och underlätta identifieringen av DNA-protein- eller protein-proteininteraktioner vid efterföljande analys.
Vad orsakar kromatinkompaktering?
Kromatinkompaktering orsakas främst av interaktioner mellan histoner och DNA samt av veckning på högre strukturella nivåer som förmedlas av länkhistoner (som H1), kromatinassocierade proteiner och epigenetiska modifieringar som histonmetylering eller deacetylering. Dessa faktorer främjar tätare packning av nukleosomer, vilket minskar tillgängligheten till DNA. Cellulära förhållanden, som jonkoncentrationer, och processer som celldelning eller gentystnad bidrar också till kromatinkompaktering.
Hielscher Ultrasonics tillverkar högpresterande ultraljudshomogenisatorer från laboratorieskala till industriell skala.


