Kromatinskjuvning: Hög genomströmning och beröringsfri precision
Kromatinskjuvning är ett kritiskt steg i många molekylärbiologiska arbetsflöden, vilket möjliggör fragmentering av kromatin i exakta storlekar för applikationer som ChIP och NGS. Den UIP400MTP multi-well platta sonikator revolutionerar denna process med sin höga genomströmning, beröringsfria teknik, som erbjuder oöverträffad effektivitet, reproducerbarhet och provintegritet. Den här artikeln utforskar hur UIP400MTP förenklar och förbättrar kromatinskjuvning och uppfyller kraven från modern forskning.
Kromatinskjuvning inom biovetenskap
Kromatinskjuvning, processen att fragmentera kromatin till hanterbara storlekar, är ett viktigt steg inom molekylärbiologin, särskilt för epigenetisk forskning, kromatinimmunoprecipitering (ChIP) och nästa generations sekvensering (NGS). Denna teknik används för att isolera DNA-proteinkomplex, studera histonmodifieringar och identifiera DNA-bindande proteiner. Att uppnå konsekvent och reproducerbar kromatinfragmentering är avgörande för att erhålla data av hög kvalitet, och detta beror i hög grad på den utrustning och de metoder som används under skjuvningsprocessen.
Traditionella kromatinskjuvningsmetoder innebär ofta utmaningar som provkontaminering, varierande resultat och tidsineffektivitet. I takt med att forskningen skalas upp, särskilt i miljöer med hög genomströmning, finns det en ökande efterfrågan på innovativa lösningar som säkerställer konsekventa resultat över flera prover. Den UIP400MTP Multi-Well Plate Sonicator erbjuder en avancerad, hög genomströmning, och beröringsfri metod, sätter en ny standard inom kromatinskjuvning.
Effektivisera kromatinskjuvning med Mutli-Well Plate Sonicator UIP400MTP
Den höga genomströmningen sonikator UIP400MTP sticker ut bland kromatinskjuvningstekniker och överträffar traditionella metoder som enzymatisk nedbrytning och mekanisk klippning. Genom att kombinera hög genomströmningseffektivitet med beröringsfri ultraljudsbehandling, erbjuder den överlägsen reproducerbarhet, hastighet och provintegritet, vilket gör det till ett föredraget val för moderna forskningsarbetsflöden.
- Effektivitet med hög genomströmning
UIP400MTP:s kapacitet att bearbeta flera prover samtidigt sparar mycket tid och ansträngning. Det eliminerar behovet av repetitiv, manuell provhantering, vilket gör det möjligt för forskare att fokusera på nedströmsanalyser och öka den totala produktiviteten. - Beröringsfri ultraljudsbehandling för provets integritet
Beröringsfri ultraljudsbehandling skyddar inte bara prover från kontaminering utan minimerar också risken för mekaniskt slitage på utrustningen. Detta säkerställer att känsliga biologiska prover bearbetas i en kontrollerad och steril miljö. - Enhetlig fragmentering
Reproducerbarhet är en hörnsten i tillförlitlig forskning. UIP400MTP säkerställer att varje brunn får identisk ultraljudsexponering, vilket ger enhetliga kromatinfragment. Denna enhetlighet är avgörande för experiment som ChIP och NGS, där konsekvens i provberedningen direkt påverkar datakvaliteten. - Skalbarhet och flexibilitet
UIP400MTP lämpar sig för både småskaliga experiment och storskaliga studier. Forskare kan enkelt justera systemet för olika provvolymer, vilket gör det till ett mångsidigt verktyg för olika applikationer. - Minskad risk för korskontaminering
Traditionella metoder som involverar direktkontakt, såsom sondsondbehandling, medför en risk för kontaminering från prov till prov. UIP400MTP:s beröringsfria tillvägagångssätt eliminerar denna risk, vilket gör den särskilt lämplig för känsliga applikationer som epigenetiska studier.
Tillämpningar av kromatinskjuvning med UIP400MTP
Den UIP400MTP är idealisk för:
- Kromatinimmunprecipitering (ChIP): Exakt klippning av kromatin säkerställer optimal bindning av antikroppar till specifika DNA-proteinkomplex.
- Nästa generations sekvensering (NGS): Enhetlig fragmentering av DNA är avgörande för förberedelse av sekvenseringsbibliotek, vilket säkerställer läsningar av hög kvalitet.
- Studier av histonmodifiering: Konsekvent kromatinberedning gör det möjligt för forskare att analysera histon-DNA-interaktioner med hög noggrannhet.
- Epigenetisk forskning: Den UIP400MTP stöder undersökningen av DNA-metyleringsmönster och andra epigenetiska modifieringar genom reproducerbar provbearbetning.
Högpresterande ultraljudsapparater
- Hög effektivitet
- Toppmodern teknik
- tillförlitlighet & robusthet
- Justerbar, exakt processtyrning
- batch & Inline
- för vilken volym som helst
- Intelligent programvara
- Smarta funktioner (t.ex. programmerbar, dataprotokoll, fjärrkontroll)
- Enkel och säker att använda
- Lågt underhåll
- CIP (clean-in-place)
Design, tillverkning och rådgivning – Kvalitet tillverkad i Tyskland
Hielscher ultraljudsapparater är välkända för sina högsta kvalitets- och designstandarder. Robusthet och enkel drift möjliggör en smidig integration av våra ultraljudsapparater i industriella anläggningar. Tuffa förhållanden och krävande miljöer hanteras enkelt av Hielscher ultraljudsapparater.
Hielscher Ultrasonics är ett ISO-certifierat företag och lägger särskild vikt vid högpresterande ultraljudsapparater med den senaste tekniken och användarvänligheten. Naturligtvis är Hielscher ultraljudsapparater CE-kompatibla och uppfyller kraven i UL, CSA och RoHs.
Tabellen nedan ger dig en indikation på den ungefärliga bearbetningskapaciteten för våra ultraljudsapparater i labbstorlek:
Rekommenderade enheter | Batchvolym | Flöde |
---|---|---|
UIP400MTP Ultraljudsbehandling med 96 brunnar | Multi-brunnar / mikrotiterplattor | N.A. |
Ultraljud CupHorn | CupHorn för ampuller eller bägare | N.A. |
GDmini2 | ultraljud mikroflödesreaktor | N.A. |
VialTweeter | 0.5 till 1,5 ml | N.A. |
UP100H | 1 till 500 ml | 10 till 200 ml/min |
UP200Ht, UP200St | 10 till 1000 ml | 20 till 200 ml/min |
UP400St | 10 till 2000 ml | 20 till 400 ml/min |
Ultraljud Sikt Shaker | N.A. | N.A. |
Litteratur / Referenser
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Vanliga frågor och svar
Vad är kromatinfragmentering?
Kromatinfragmentering är processen att bryta ner kromatin, ett komplex av DNA och proteiner, till mindre, hanterbara fragment. Detta uppnås för att underlätta studier av DNA-proteininteraktioner, histonmodifieringar eller DNA-tillgänglighet i molekylärbiologiska tillämpningar som kromatinimmunprecipitation (ChIP) och nästa generations sekvensering (NGS). Processen säkerställer att kromatinet är fragmenterat till ett visst storleksintervall, vanligtvis genom fysiska metoder som ultraljudsbehandling eller enzymatisk nedbrytning, samtidigt som integriteten hos DNA-proteinkomplexen bevaras för nedströmsanalys.
Vad är kromatintvärbindning?
Kromatintvärbindning är en biokemisk process som används för att stabilisera interaktioner mellan DNA och proteiner eller andra kromatinassocierade molekyler. Det involverar användning av tvärbindningsmedel, såsom formaldehyd, för att skapa kovalenta bindningar mellan interagerande molekyler, effektivt “frysning” deras interaktioner på plats. Denna teknik används i stor utsträckning i kromatinimmunprecipitering (ChIP) och relaterade analyser för att bevara den ursprungliga kromatinstrukturen och underlätta identifieringen av DNA-protein eller protein-proteininteraktioner under nedströmsanalys.
Vad orsakar kromatinkomprimering?
Kromatinkomprimering orsakas främst av interaktioner mellan histoner och DNA, såväl som högre ordningens veckning medierad av linkerhistoner (som H1), kromatinassocierade proteiner och epigenetiska modifieringar såsom histonmetylering eller deacetylering. Dessa faktorer främjar tätare packning av nukleosomer, vilket minskar tillgängligheten till DNA. Cellulära förhållanden, såsom jonkoncentrationer, och processer som celldelning eller nedtystning av gener, bidrar också till kromatinkomprimering.

Hielscher Ultrasonics tillverkar högpresterande ultraljudshomogenisatorer från labb till industriell storlek.