Bildning av amyloidfibriller med hjälp av den UIP400MTP mikroplattsonikern
Amyloidfibriller, ungefär som kristaller, bildas genom en process av kärnbildning och efterföljande tillväxt. På grund av den höga fria energibarriären för kärnbildning sker spontan bildning av amyloidfibriller endast efter en långvarig fördröjningsfas. Ultraljud har dykt upp som ett kraftfullt verktyg för att inducera amyloidkärnbildning, vilket avsevärt påskyndar fibrillbildningen. I kombination med en mikroplattläsare som använder tioflavin T (ThT) fluorescens, möjliggör ultraljud hög genomströmningsdetektion av amyloidfibriller i flera prover samtidigt.
Ultraljudsinducerad amyloid fibrillbildning med UIP400MTP Microplate Sonicator
Med den UIP400MTP multi-well plate sonicator, amyloid fibriller av samma kvalitet i stora mängder kan snabbt syntetiseras för forskningsändamål. Detta effektiva tillvägagångssätt gör det möjligt att studera proteiners amyloidogenicitet. Denna teknik underlättar snabb och reproducerbar amyloidflimmer, vilket demonstreras med β2-mikroglobulin (β2-m), ett amyloidogent protein som är associerat med dialysrelaterad amyloidos.
Enkel experimentell metod: Ultraljudsinducerat amyloidflimmer
För att inducera fibrillbildning placerades en 96-brunns mikroplatta i mitten av den UIP400MTP multi-well plate sonicator, vilket säkerställer enhetlig ultraljudsexponering över alla brunnar. De experimentella betingelserna var följande:
- Varje brunn innehöll 0,2 ml β2-mikroglobulinlösning (0,3 mg/ml, pH 2,5) kompletterad med 5 μM ThT.
- Plattan utsattes för ultraljudscykler, såsom 1 minuts ultraljud följt av 9 minuters paus.
- Efter ultraljudsbehandling mättes ThT-fluorescens med hjälp av en mikroplattläsare.
(jfr So et al., 2011)
Jämförelse med konventionell omrörning
Jämfört med traditionella omrörningsmetoder minskade ultraljud drastiskt fördröjningsfasen av fibrillbildning. Under konventionella skakningsförhållanden på mikroplattor uppvisade endast 1 av 10 brunnar ökad ThT-fluorescens efter 20 timmar. Däremot, med hjälp av cyklad ultraljud (15 minuter ultraljudsbehandling följt av 5 minuters vila), upptäcktes en signifikant ThT-fluorescensökning omedelbart efter den första ultraljudsbehandlingen.
Snabb acceleration av flimmerkinetik
Resultaten från So et al. (2011) visade att den spontana fibrillbildningen av β2-mikroglobulin vid pH 2,5 kan accelereras från flera timmar till bara 10–15 minuter med ultraljud.
Atomkraftsmikroskopi (AFM) bilder bekräftade att fibriller som genereras via 10-minuters ultraljud var 15:e minut var morfologiskt omöjliga att skilja från de som bildades med 1-minuts ultraljud var 10:e minut. Detta belyser reproducerbarheten och robustheten hos ultraljudsinducerat amyloidflimmer.
AFM-bilder av amyloidfibriller som produceras av 1-min ultraljud var 10:e minut (i), av 10-min ultraljudsbehandling var 15:e minut (ii), och av såddreaktionen utan ultraljud (iii). Den vita skalan representerar 1 μm.
Studie och bilder: ©So et al., 2011
Flimmer vid neutrala pH-förhållanden
Även under neutrala pH-förhållanden uppnåddes fibrillbildning efter en fördröjningstid på 1,5 timmar, vilket visar att ultraljud avsevärt sänker den energetiska barriären för kärnbildning och tillväxt. Detta stöder ytterligare hypotesen att amyloidflimmer i första hand är en fysisk reaktion, till stor del begränsad av kärnbildningens energibarriär, som ultraljud effektivt minskar.
Påverkan på forskning om amyloidrelaterade sjukdomar
Den enkla och tillförlitliga bildningen av amyloidfibriller med hjälp av den UIP400MTP mikroplattan ultraljudsbehandling har betydande konsekvenser för forskning om Alzheimers sjukdom (AD) och andra amyloidrelaterade sjukdomar, såsom Parkinsons sjukdom, typ II-diabetes och systemiska amyloidoser. Vid Alzheimers sjukdom är amyloid-β (Aβ) aggregering ett viktigt patologiskt kännetecken, men att studera dess flimmerkinetik är fortfarande utmanande på grund av långa fördröjningsfaser och variabilitet i konventionella metoder. Ultraljudsdriven fibrillbildning påskyndar kärnbildning, vilket säkerställer hög reproducerbarhet och minskad variabilitet, vilket är avgörande för screening av potentiella hämmare och förståelse av amyloidogena mekanismer. Dessutom möjliggör den höga genomströmningskapaciteten hos UIP400MTP storskaliga undersökningar av felveckning och aggregering av proteiner, vilket underlättar upptäckten av terapeutiska medel som kan modulera fibrillbildning och potentiellt mildra neurodegenerativ progression.
Denna studie etablerar ultraljud med hjälp av den UIP400MTP multi-well platta sonikator som en mycket effektiv metod för att påskynda amyloid fibriller bildning. De viktigaste fördelarna med den här metoden är:
- Dramatisk minskning av fördröjningstiden för flimmer.
- Enhetlig ultraljudsexponering i alla brunnar, vilket möjliggör reproducerbar fibrillbildning.
- Screeningkapacitet med hög genomströmning, vilket gör den lämplig för genomomfattande sökningar av proteinamyloidogenicitet.
Genom att integrera ultraljud med ThT-fluorescensdetektion ger denna metod en snabb, skalbar och tillförlitlig plattform för att studera amyloidflimmer. Med tanke på dess effektivitet och potential för hög genomströmning kan detta tillvägagångssätt underlätta syntesen av amyloidfibriller för biofysisk och farmaceutisk forskning, och erbjuda ett lovande verktyg för amyloidrelaterade studier och läkemedelsscreening.
EM-extraktion med hög genomströmning med 96-brunnars platta sonikator UIP400MTP
Litteratur / Referenser
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Masatomo So, Hisashi Yagi, Kazumasa Sakurai, Hirotsugu Ogi, Hironobu Naiki, Yuji Goto (2011): Ultrasonication-Dependent Acceleration of Amyloid Fibril Formation. Journal of Molecular Biology, Volume 412, Issue 4, 2011. 568-577.
- Lauren E. Cruchley-Fuge, Martin R. Jones, Ossama Edbali, Gavin R. Lloyd, Ralf J. M. Weber, Andrew D. Southam, Mark R. Viant (2024): Automated extraction of adherent cell lines from 24-well and 96-well plates for multi-omics analysis using the Hielscher UIP400MTP sonicator and Beckman Coulter i7 liquid handling workstation. Metabomeeting 2024, University of Liverpool, 26-28th November 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
Vanliga frågor och svar
Vad är amyloid primär kärnbildning?
Primär amyloidkärnbildning är det första, hastighetsbegränsande steget i bildningen av amyloidfibriller, där monomera proteiner genomgår konformationsförändringar och självorganiserar sig till en kritisk kärna. Den här kärnan fungerar som en mall för ytterligare aggregering.
Hur bildas en fibrill vid amyloidos?
Vid amyloidos aggregerar felveckade proteiner via kärnbildningsberoende polymerisation. När en kärna väl har bildats förlängs monomerer snabbt till fibriller som är rika på β ark genom sekundär kärnbildning och mallad tillväxt, vilket leder till amyloidavlagringar.
Vad är amyloidfibrillpolymorfism?
Polymorfism av amyloidfibriller avser strukturella variationer i fibriller som bildas av samma protein. Skillnader i fibrillmorfologi, protofilamentarrangemang och molekylär packning uppstår på grund av miljöförhållanden, mutationer eller olika aggregeringsvägar.
Vad är skillnaden mellan amyloidfibriller och plack?
Amyloidfibriller är linjära, β-arksrika proteinaggregat, medan amyloida plack är extracellulära avlagringar av aggregerade fibriller, ofta blandade med lipider, metaller och cellulärt skräp, som ses vid neurodegenerativa sjukdomar som Alzheimers.
Vad är skillnaden mellan alfa-synuklein och amyloid?
Alfa-synuklein är ett neuronalt protein som är involverat i synaptisk funktion, men vid patologiska tillstånd felveckas det och bildar amyloidliknande fibriller. “Amyloid” är en allmän term för felveckade, fibrillära proteinaggregat, medan alfa-synukleinfibriller är specifika för sjukdomar som Parkinsons.
Vad är ett proteinfibriller?
Ett proteinfibriller är ett mycket ordnat, β-arkrikt, trådöst aggregat som bildas av felveckade eller delvis veckade proteiner. Dessa fibriller är vanligtvis olösliga och uppstår genom kärnbildningsberoende polymerisation. De är förknippade med olika patologiska tillstånd, inklusive amyloidoser och neurodegenerativa sjukdomar (t.ex. Alzheimers, Parkinsons). Vissa funktionella proteinfibriller finns dock i biologiska system, såsom curlifibrer hos bakterier och silkesfibriller hos spindlar.
Hielscher Ultrasonics tillverkar högpresterande ultraljudshomogenisatorer från labb till industriell storlek.


