Extracția matricei extracelulare cu sonicatorul pentru plăci cu 96 de godeuri UIP400MTP

Metodele tradiționale de extracție a matricei extracelulare (EM) implică adesea mai multe etape pentru dezintegrarea matricei biofilmului. Totuși, aceste tehnici pot fi consumatoare de timp și inconsecvente, ceea ce duce la variabilitatea rezultatelor. Cu sonicatorul pentru plăci cu 96 de godeuri UIP400MTP, procesul de extracție a EM este facilitat semnificativ, asigurând o dezintegrare foarte eficientă, precisă și uniformă a biofilmului în formate cu capacitate mare de procesare a probelor. UIP400MTP utilizează ultrasunete focalizate pentru a genera cavitație controlată, descompunând eficient matricea biofilmului și păstrând în același timp viabilitatea și integritatea celulelor înglobate în biofilm. Utilizarea UIP400MTP îmbunătățește reproductibilitatea și acuratețea testelor din etapele ulterioare, cum ar fi analizele metabolomice și proteomice, testele de viabilitate și studiile de sensibilitate antimicrobiană. Prin eficientizarea extracției EM, UIP400MTP le permite cercetătorilor să obțină rezultate consecvente și de înaltă calitate, oferind perspective mai profunde asupra dinamicii biofilmelor și a interacțiunilor acestora cu agenți externi.

Extracția matricei extracelulare

Matricea extracelulară (EM) este o componentă esențială a biofilmelor formate de microorganisme precum Candida albicans. Compusă din polizaharide, proteine, lipide și ADN extracelular, EM asigură integritatea structurală, mediază aderența la suprafețe și contribuie semnificativ la rezistența antimicrobiană. Extracția și analiza EM sunt esențiale pentru înțelegerea biologiei biofilmelor, elucidarea mecanismelor de rezistență la medicamente și identificarea unor noi ținte terapeutice.

Protocol pentru extracția matricei extracelulare (EM) din biofilmele de Candida albicans folosind UIP400MTP

Acest protocol se concentrează pe extracția matricei extracelulare (EM) din biofilmele statice de Candida albicans. Sonicatorul UIP400MTP este integrat pentru a înlocui etapele tradiționale de răzuire sau etapele bazate pe enzime, în vederea îmbunătățirii eficienței și reproductibilității.

Materiale necesare

Instrucțiuni pas cu pas pentru extracția EM

1. Formarea biofilmului static
   Pentru biofilmele statice, inoculați C. albicans în godeurile unei plăci cu 96 de godeuri folosind mediu RPMI-1640. Fiecare godeu trebuie să conțină un volum constant de inocul (de ex., 200 µL per godeu).
   Incubați placa la 37°C în condiții statice timp de 24 de ore pentru a permite formarea biofilmului pe suprafețele godeurilor.
2. Pregătirea biofilmului pentru extracție
   După incubare, aspirați cu grijă și îndepărtați mediul uzat din fiecare godeu, fără a perturba biofilmul.
   Clătiți cu atenție fiecare godeu cu PBS steril (de ex., 200 µL) pentru a îndepărta celulele slab atașate și resturile planctonice. Repetați acest pas de două ori.
   Adăugați PBS proaspăt sau tamponul de extracție (de ex., 200 µL) în fiecare godeu pentru pregătirea sonicării.
3. Sonicarea cu UIP400MTP
   Așezați placa cu 96 de godeuri care conține PBS sau tampon de extracție în tava sonicatorului UIP400MTP. Pentru a poziționa corect placa multi-godeu, urmați instrucțiunile din manual.
   Sonicați timp de 5–6 minute la o setare blândă (amplitudine 60%, mod pulsat), asigurând dezintegrarea uniformă a structurii biofilmului și eliberarea componentelor EM.
   Utilizați controlul temperaturii al sonicatorului UIP400MTP (senzorul de temperatură și setările) pentru a evita încălzirea excesivă sau deteriorarea probelor.
4. Tratamentul cu rășină schimbătoare de cationi (CER)
   Transferați lichidul sonicat din fiecare godeu într-o nouă placă cu 96 de godeuri.
   Adăugați în fiecare godeu un volum dublu de suspensie CER (preparată în PBS sau tampon) (de ex., volum total de 400 µL per godeu).
   Sigilați placa și incubați-o pe un agitator de plăci sau pe un rotator la 400 rpm timp de 3 ore pentru a permite legarea și izolarea componentelor EM.
5. Separare și filtrare
   Centrifugați placa la 2.000 × g timp de 10 minute pentru a separa rășina și celulele de supernatant.
   Transferați cu atenție supernatantul care conține EM din fiecare godeu într-o nouă placă cu 96 de godeuri.
   Filtrați supernatantul printr-un filtru de 0,22 µm folosind un sistem de vacuum manifold pentru plăci sau un echivalent, pentru a obține un extract EM curat.
6. Analiza EM
   Utilizați tehnici precum UPLC-Q-TOF-MS pentru profilarea nețintită a metaboliților sau folosiți teste specifice (de ex., BCA pentru proteine, kituri de cuantificare a trigliceridelor și a carbohidraților) pentru a caracteriza componentele EM.

Extracția matricei extracelulare cu capacitate mare de procesare a probelor

Eficiența ridicată a extracției matricei extracelulare (EM) cu sonicatorul UIP400MTP a revoluționat pregătirea probelor pentru testele care necesită o analiză precisă a proprietăților biofilmului. UIP400MTP utilizează unde ultrasonice pentru a dezintegra precis și uniform matricea biofilmului, permițând eliberarea eficientă a componentelor EM și păstrând în același timp viabilitatea și integritatea celulelor. Această abordare îmbunătățește semnificativ fiabilitatea testelor precum testele de viabilitate a biofilmului, studiile proteomice și metabolomice și evaluările sensibilității antimicrobiene.

Pentru testele de recuperare a biofilmului, cum ar fi numărarea unităților formatoare de colonii (CFU), extracția EM cu UIP400MTP asigură accesul neobstrucționat al reactivilor la celulele înglobate în biofilm. În mod similar, analizele proteomice și metabolomice, precum UPLC-Q-TOF-MS, beneficiază de izolarea cu randament ridicat a proteinelor, lipidelor și metaboliților. UIP400MTP susține, de asemenea, testarea precisă a sensibilității antimicrobiene, permițând determinarea exactă a valorilor MIC și MBEC ale biofilmului. În plus, extracția eficientă facilitată de UIP400MTP sprijină testele de activitate enzimatică, cuantificarea componentelor și studiile structurale, oferind informații valoroase despre rolul matricelor extracelulare în arhitectura biofilmului, aderență și mecanismele de rezistență.

Această metodă de extracție reproductibilă, cu capacitate mare de procesare a probelor, optimizează pregătirea EM, asigurând rezultate superioare într-o gamă largă de teste legate de biofilm.