Forfecarea cromatinei: randament ridicat și precizie fără contact
Forfecarea cromatinei este un pas critic în multe fluxuri de lucru de biologie moleculară, permițând fragmentarea cromatinei în dimensiuni precise pentru aplicații precum ChIP și NGS. Sonicatorul cu plăci cu mai multe godeuri UIP400MTP revoluționează acest proces cu tehnologia sa de mare randament, fără contact, oferind eficiență, reproductibilitate și integritate a probei de neegalat. Acest articol explorează modul în care UIP400MTP simplifică și îmbunătățește forfecarea cromatinei, îndeplinind cerințele cercetării moderne.
Forfecarea cromatinei în științele vieții
Forfecarea cromatinei, procesul de fragmentare a cromatinei în dimensiuni gestionabile, este un pas esențial în biologia moleculară, în special pentru cercetarea epigenetică, imunoprecipitarea cromatinei (ChIP) și secvențierea de ultimă generație (NGS). Această tehnică este utilizată pentru a izola complexele ADN-proteină, pentru a studia modificările histonelor și pentru a identifica proteinele de legare a ADN-ului. Realizarea unei fragmentări consistente și reproductibile a cromatinei este esențială pentru obținerea de date de înaltă calitate, iar acest lucru se bazează în mare măsură pe echipamentele și metodele utilizate în timpul procesului de forfecare.
Metodele tradiționale de forfecare a cromatinei prezintă adesea provocări, cum ar fi contaminarea probelor, rezultate variabile și ineficiențe de timp. Pe măsură ce cercetarea se extinde, în special în mediile cu randament ridicat, există o cerere tot mai mare de soluții inovatoare care asigură rezultate consistente pe mai multe probe. Sonicatorul cu plăci cu mai multe godeuri UIP400MTP oferă o abordare avansată, cu randament ridicat și fără contact, stabilind un nou standard în forfecarea cromatinei.
Simplificați forfecarea cromatinei cu sonicatorul cu plăci cu mai multe godeuri UIP400MTP
Sonicatorul de mare randament UIP400MTP se remarcă printre tehnicile de forfecare a cromatinei, depășind metodele tradiționale, cum ar fi digestia enzimatică și forfecarea mecanică. Prin combinarea eficienței de mare randament cu sonicarea fără contact, oferă reproductibilitate, viteză și integritate superioară a probei, ceea ce îl face o alegere preferată pentru fluxurile de lucru moderne de cercetare.
- Eficiență ridicată a randamentului
Capacitatea UIP400MTP de a procesa mai multe probe simultan economisește timp și efort considerabil. Elimină nevoia de manipulare manuală repetitivă a probelor, permițând cercetătorilor să se concentreze pe analizele din aval și pe creșterea productivității generale. - Sonicare fără contact pentru integritatea probei
Sonicarea fără contact nu numai că protejează probele de contaminare, dar minimizează și riscul de uzură mecanică a echipamentului. Acest lucru asigură că probele biologice sensibile sunt procesate într-un mediu controlat și steril. - Fragmentare uniformă
Reproductibilitatea este o piatră de temelie a cercetării fiabile. UIP400MTP asigură că fiecare godeț primește o expunere cu ultrasunete identică, producând fragmente uniforme de cromatină. Această uniformitate este crucială pentru experimente precum ChIP și NGS, unde consecvența în pregătirea probelor are un impact direct asupra calității datelor. - Scalabilitate și flexibilitate
UIP400MTP este potrivit atât pentru experimente la scară mică, cât și pentru studii la scară largă. Cercetătorii pot ajusta cu ușurință sistemul pentru diferite volume de probe, făcându-l un instrument versatil pentru diverse aplicații. - Risc redus de contaminare încrucișată
Metodele tradiționale care implică contact direct, cum ar fi sonicarea sondei, prezintă un risc de contaminare de la probă la probă. Abordarea fără contact a UIP400MTP elimină acest risc, făcându-l deosebit de potrivit pentru aplicații sensibile, cum ar fi studiile epigenetice.
Aplicații ale forfecării cromatinei cu UIP400MTP
UIP400MTP este ideal pentru:
- Imunoprecipitarea cromatinei (ChIP): Forfecarea precisă a cromatinei asigură legarea optimă a anticorpilor la specifici complecși ADN-proteine.
- Secvențiere de generație următoare (NGS): Fragmentarea uniformă a ADN-ului este esențială pentru pregătirea bibliotecii de secvențiere, asigurând citiri de înaltă calitate.
- Studii de modificare a histonelor: Pregătirea consecventă a cromatinei permite cercetătorilor să analizeze interacțiunile histonă-ADN cu o precizie ridicată.
- Cercetare epigenetică: UIP400MTP sprijină investigarea modelelor de metilare a ADN-ului și a altor modificări epigenetice prin procesarea probelor reproductibile.
Ultrasonicators de înaltă performanță
- eficiență ridicată
- tehnologie de ultimă generație
- fiabilitate & robustețe
- control reglabil și precis al procesului
- Lot & Inline
- pentru orice volum
- Software inteligent
- funcții inteligente (de exemplu, programabile, protocoale de date, telecomandă)
- ușor și sigur de operat
- întreținere redusă
- CIP (curățare pe loc)
Proiectare, fabricație și consultanță – Calitate Made in Germany
Hielscher ultrasonicators sunt bine-cunoscute pentru cele mai înalte standarde de calitate și design. Robustețea și funcționarea ușoară permit integrarea fără probleme a ultrasonicators noastre în instalații industriale. Condiții dure și medii solicitante sunt ușor de manipulat de ultrasonicators Hielscher.
Hielscher Ultrasonics este o companie certificată ISO și pune un accent deosebit pe ultrasonicators de înaltă performanță cu tehnologie de ultimă oră și ușurință în utilizare. Desigur, ultrasonicators Hielscher sunt conforme CE și îndeplinesc cerințele UL, CSA și RoHs.
Tabelul de mai jos vă oferă o indicație a capacității aproximative de procesare a ultrasonicators noastre de dimensiuni de laborator:
Dispozitive recomandate | Volumul lotului | Debitul |
---|---|---|
UIP400MTP 96-Well Plate Sonicator | plăci multi-godeu / microtitrare | n.a. |
CupHorn cu ultrasunete | CupHorn pentru flacoane sau pahar | n.a. |
GDmini2 | reactor cu ultrasunete micro-flux | n.a. |
VialTweeter | 00,5 până la 1,5 ml | n.a. |
UP100H | 1 până la 500 ml | 10 până la 200 ml/min |
UP200Ht, UP200St | 10 până la 1000 ml | 20 până la 200 ml / min |
UP400St | 10 până la 2000 ml | 20 până la 400 ml / min |
Agitator cu sită cu ultrasunete | n.a. | n.a. |
Literatură / Referințe
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- UIP400MTP-Multi-well-Plate-Sonicator-Infographic
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Întrebări frecvente
Ce este fragmentarea cromatinei?
Fragmentarea cromatinei este procesul de descompunere a cromatinei, un complex de ADN și proteine, în fragmente mai mici, ușor de gestionat. Acest lucru este realizat pentru a facilita studiul interacțiunilor ADN-proteină, modificările histonelor sau accesibilitatea ADN-ului în aplicații de biologie moleculară, cum ar fi imunoprecipitarea cromatinei (ChIP) și secvențierea de ultimă generație (NGS). Procesul asigură că cromatina este fragmentată într-un anumit interval de dimensiuni, de obicei prin metode fizice precum sonicarea sau digestia enzimatică, păstrând în același timp integritatea complexelor ADN-proteină pentru analiza în aval.
Ce este reticularea cromatinei?
Reticularea cromatinei este un proces biochimic utilizat pentru a stabiliza interacțiunile dintre ADN și proteine sau alte molecule asociate cromatinei. Implică utilizarea agenților de reticulare, cum ar fi formaldehida, pentru a crea legături covalente între moleculele care interacționează, în mod eficient “congelare” interacțiunile lor la locul lor. Această tehnică este utilizată pe scară largă în imunoprecipitarea cromatinei (ChIP) și în testele conexe pentru a păstra structura cromatinei native și pentru a facilita identificarea interacțiunilor ADN-proteină sau proteină-proteină în timpul analizei din aval.
Ce cauzează compactarea cromatinei?
Compactarea cromatinei este cauzată în primul rând de interacțiunile dintre histone și ADN, precum și de plierea de ordin superior mediată de histone de legătură (cum ar fi H1), proteine asociate cromatinei și modificări epigenetice, cum ar fi metilarea histonelor sau deacetilarea. Acești factori promovează o împachetare mai strânsă a nucleozomilor, reducând accesibilitatea ADN-ului. Condițiile celulare, cum ar fi concentrațiile de ioni și procesele precum diviziunea celulară sau tăcerea genelor, contribuie, de asemenea, la compactarea cromatinei.

Hielscher Ultrasonics produce omogenizatoare cu ultrasunete de înaltă performanță de la Laborator spre dimensiunea industrială.