Metabolomica facilitată de sonicarea de mare randament
Metabolomica este domeniul de cercetare care utilizează tehnici de mare randament pentru a caracteriza și cuantifica moleculele mici din diverse biofluide, precum urina, serul, plasma, fecalele și saliva, dezvăluind semnături metabolice unice. Sonicatorul de mare randament UIP400MTP, conceput pentru plăci multigodeu, este un instrument puternic pentru liza celulelor din aceste probe, facilitând eliberarea metaboliților pentru analiza ulterioară. Această abordare precisă și fiabilă este esențială în metabolomică, unde proiectarea riguroasă a studiului, pregătirea meticuloasă a probelor, configurarea optimizată a platformei, analiza cuprinzătoare a datelor și interpretarea biologică relevantă sunt de importanță capitală. Metabolomica utilizează atât abordări țintite, care se concentrează pe clase specifice de molecule, precum carbohidrații, lipidele și aminoacizii, cât și tehnici nețintite, care oferă o imagine de ansamblu largă asupra profilurilor metabolice dintr-o probă, dezvăluind complexitatea intricată a semnalizării metabolice.
UIP400MTP este un sonicator fără contact, de mare randament, pentru liza celulelor și extracția metaboliților în plăci multigodeu
Pregătirea probelor de mare randament cu sonicatorul pentru plăci cu 96 de godeuri UIP400MTP
Utilizarea sonicatorului fără contact UIP400MTP în combinație cu plăci cu 96 de godeuri este o metodă eficientă pentru omogenizarea și extracția metaboliților de mare randament. Această configurație evită contactul direct cu proba, reducând riscul de contaminare încrucișată, în timp ce mai multe probe sunt procesate simultan.
Protocol pas cu pas pentru omogenizarea cu sonicatorul pentru 96 de godeuri UIP400MTP
- Pregătirea probelor metabolomice
Amplasarea probelor: Distribuiți fiecare probă (de ex., fecale, țesut intestinal sau conținut luminal) în godeuri individuale ale unei plăci cu 96 de godeuri sau ale unei microplăci.
Solvent: Solvenții organici, precum metanolul, etanolul, acetonitrilul, cloroformul și amestecurile lor (apoase), sunt esențiali pentru extracția metaboliților, contribuind la eliberarea metaboliților intracelulari din matricea celulară. Utilizați 100–300 µL de solvent per godeu, asigurând un volum suficient pentru a acoperi complet proba.
Standarde interne: Opțional, adăugați standarde interne în fiecare godeu pentru normalizare în timpul analizei metabolomice ulterioare. - Configurarea mediului de cuplare
Nivelul apei: Așezați placa cu 96 de godeuri pe platforma de sonicare umplută cu apă (mediul de cuplare), conform descrierii din manual. - Configurarea parametrilor UIP400MTP
Setările de putere: Reglați amplitudinea ultrasonică la 50–80% din puterea maximă pentru o omogenizare eficientă.
Modul pulsat: Setați ciclul de sonicare pe impulsuri alternante (de ex., 30 de secunde pornit, 30 de secunde oprit) pentru a permite răcirea și a preveni supraîncălzirea probelor.
Timp total: 4–10 minute, în funcție de complexitatea și rezistența probei.
Controlul temperaturii: Utilizați un răcitor de laborator pentru a menține apa la 4–8°C în timpul sonicării, pentru a proteja metaboliții sensibili la căldură. - Procesul de sonicare
Porniți UIP400MTP pentru ciclurile de sonicare.
Monitorizați procesul prin intermediul interfeței UIP400MTP.
Efectul de cavitație va omogeniza probele și va liza celulele din godeuri, eliberând metaboliții intracelulari în solvent. - După sonicare
Centrifugare: După sonicare, transferați conținutul plăcii în tuburi de colectare, dacă este necesar. Centrifugați la 4.000–6.000 × g timp de 10 minute pentru a sedimenta resturile insolubile și materialul celular.
Colectarea supernatantului: Transferați cu atenție supernatantul din fiecare godeu în tuburi sau plăci noi pentru analiză.
Uscare opțională: Uscați supernatanții folosind un concentrator cu vid (de ex., SpeedVac) dacă este necesară concentrarea, apoi reconstituiți-i într-un volum mic de solvent adecvat.
Profitați de capacitatea de procesare de mare randament a sonicatorului pentru plăci multigodeu UIP400MTP și facilitați-vă cercetarea și analiza metabolomică!
Sonicatorul de mare randament UIP400MTP pentru cercetarea metabolomică în plăci multigodeu, plăci cu 96 de godeuri, tuburi și plăci Petri.
Sonicatorul pentru plăci multigodeu UIP400MTP pentru pregătirea probelor de mare randament în cercetarea metabolomică.
Principiul sonicării fără contact cu UIP400MTP
UIP400MTP aplică unde ultrasonice în godeurile unei plăci cu 96 de godeuri în mod indirect, printr-un mediu de cuplare (de ex., apă). Aceste unde generează cavitație, care dezintegrează celulele și eliberează metaboliții fără contact fizic între sonotroda sonicatorului și probă.
„Vă scriu pentru a vă mulțumi pentru experiența noastră fantastică în utilizarea sonicatorului dumneavoastră UIP400MTP pentru liza bacteriană uniformă și constantă a probelor de microbiom fecal. Împingem limitele tehnologiei de liză de mare randament, iar instrumentul dumneavoastră este foarte potrivit pentru această sarcină. Câteva dintre punctele forte esențiale sunt:
- Ușurința în utilizare – instrumentul este ușor de folosit, iar personalizarea este simplă cu ajutorul opțiunilor din meniu
- Randament ridicat – excelent pentru manipularea plăcilor, cu 96 de probe simultan
- Sonicare uniformă a tuturor recipientelor – dispozitivul a putut furniza aceeași cantitate de sonicare tuturor godeurilor, ceea ce a fost crucial pentru aplicația noastră
- Sprijin din partea echipei Hielscher – asistența a fost excelentă, ați fost mereu alături de noi la instruire, pentru a ne răspunde la întrebări și a rezolva problemele, cu sugestii care ne-au ajutat să ne atingem obiectivul.
Vă mulțumim încă o dată pentru ajutorul și asistența acordate în timp ce lucram la optimizarea protocoalelor noastre.”
Mark D. Driscoll, Ph.D. – Director științific – Intus Biosciences
Sonicatorul pentru plăci multigodeu UIP400MTP facilitează pregătirea probelor de mare randament, de ex. în cercetarea și analiza metaboliților.
Sonicatorul pentru plăci cu 96 de godeuri UIP400MTP: lichidul care transmite ultrasunetele înconjoară toate godeurile și asigură o sonicare uniformă a fiecărei probe
Caracteristici cheie ale sonicatorului pentru plăci multigodeu UIP400MTP
| Sonicare de mare randament | Perfect adaptat pentru plăci cu 96 de godeuri și alte plăci multigodeu, UIP400MTP permite sonicarea simultană și identică a mai multor probe, scurtând semnificativ durata pregătirii probelor și crescând capacitatea de procesare a probelor în testarea unui număr mare de probe. |
| Utilizați placa multigodeu pe care o alegeți | UIP400MTP este conceput pentru a sonica orice plăci multigodeu standard, plăci PCR sau plăci de microtitrare. Dumneavoastră alegeți placa cea mai potrivită pentru experimentele dumneavoastră. Deoarece UIP400MTP nu necesită consumabile proprietare, acest lucru vă economisește o mulțime de bani! |
| Ultrasonicare fără contact | Sonicatorul pentru plăci multigodeu UIP400MTP aplică ultrasunete intense fără a introduce nimic în probă. Puteți sonica plăci multigodeu sigilate, recipiente închise și flacoane. Hielscher vă furnizează suporturi de probe personalizate pentru orice flacoane sau recipiente nestandard. |
| Precizie și control | Controlul precis și software-ul inteligent vă permit să setați parametrii ultrasonici astfel încât să corespundă în mod optim nevoilor dumneavoastră specifice de procesare. Obțineți eficiență și eficacitate maxime ale sonicării pentru fiecare experiment. |
| Controlul temperaturii | Setați o temperatură specifică pentru sonicare. Sonicatorul pentru plăci UIP400MTP poate monitoriza temperatura probei și poate ajusta sonicarea în consecință. Un lichid de răcire recirculat răcește fiecare godeu din placă pentru un control precis al temperaturii. |
| Înregistrarea datelor și control de la distanță | Fiecare ciclu de sonicare poate fi controlat de pe un computer. Nu este necesară instalarea niciunui software. Puteți utiliza browserul dumneavoastră standard (de ex. Chrome, Firefox, Edge sau Safari) pe orice sistem de operare (de ex. MacOS, Windows, Android, iOS sau Linux) pentru a controla și monitoriza UIP400MTP de la distanță. Fiecare ciclu de sonicare generează o înregistrare detaliată a sonicării pentru evaluare și documentare. Fișierul de înregistrare este în format CSV neproprietar, pe care îl puteți deschide cu programul preferat, de ex. Microsoft Excel, Apple Numbers sau OpenOffice Calc. |
| Robust și fiabil | Proiectat și construit în Germania la cele mai înalte standarde de calitate, UIP400MTP nu este doar puternic, ci și remarcabil de durabil. Designul său îndeplinește standardele industriale și rezistă cu ușurință solicitărilor utilizării zilnice într-un mediu de laborator exigent. Puteți utiliza UIP400MTP continuu, 24 de ore pe zi, 7 zile pe săptămână, în operațiuni de mare randament. |
- eficiență ridicată
- tehnologie de ultimă generație
- fiabilitate și robustețe
- control al procesului reglabil și precis
- software inteligent
- funcții inteligente (de ex., programabile, înregistrarea datelor, control de la distanță)
- operare ușoară și sigură
- întreținere redusă
- CIP (curățare pe loc)
Proiectare, fabricație și consultanță – calitate Made in Germany
Ultrasonicatoarele Hielscher sunt bine cunoscute pentru cele mai înalte standarde de calitate și design. Robustețea și operarea ușoară permit integrarea fără probleme a ultrasonicatoarelor noastre în instalațiile industriale. Condițiile dure și mediile solicitante sunt gestionate cu ușurință de ultrasonicatoarele Hielscher.
Hielscher Ultrasonics este o companie certificată ISO și pune un accent deosebit pe ultrasonicatoare de înaltă performanță, dotate cu tehnologie de ultimă generație și ușor de utilizat. Desigur, ultrasonicatoarele Hielscher sunt conforme CE și îndeplinesc cerințele UL, CSA și RoHs.
Sonicatorul fără contact UIP400MTP pentru pregătirea probelor metabolomice în microplăci.
Literatură / Referințe
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator for High-Throughput Sample Preparation – English version – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Plate-Sonicator für die High-Throughput Probenvorbereitung in 96-Well-Platten – deutsch – Hielscher Ultrasonics
- FactSheet UIP400MTP Multi-well Plate Sonicator – Non-Contact Sonicator – Hielscher Ultrasonics
- Dreyer J., Ricci G., van den Berg J., Bhardwaj V., Funk J., Armstrong C., van Batenburg V., Sine C., VanInsberghe M.A., Marsman R., Mandemaker I.K., di Sanzo S., Costantini J., Manzo S.G., Biran A., Burny C., Völker-Albert M., Groth A., Spencer S.L., van Oudenaarden A., Mattiroli F. (2024): Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase. Molecular Cell 2024.
- Mochizuki, Chika; Taketomi, Yoshitaka; Irie, Atsushi; Kano, Kuniyuki; Nagasaki, Yuki; Miki, Yoshimi; Ono, Takashi; Nishito, Yasumasa; Nakajima, Takahiro; Tomabechi, Yuri; Hanada, Kazuharu; Shirouzu, Mikako; Watanabe, Takashi; Hata, Kousuke; Izumi, Yoshihiro; Bamba, Takeshi; Chun, Jerold; Kudo, Kai; Kotani, Ai; Murakami, Makoto (2024): Secreted phospholipase PLA2G12A-driven lysophospholipid signaling via lipolytic modification of extracellular vesicles facilitates pathogenic Th17 differentiation. BioRxiv 2024.
- Cosenza-Contreras M, Seredynska A, Vogele D, Pinter N, Brombacher E, Cueto RF, Dinh TJ, Bernhard P, Rogg M, Liu J, Willems P, Stael S, Huesgen PF, Kuehn EW, Kreutz C, Schell C, Schilling O. (2024): TermineR: Extracting information on endogenous proteolytic processing from shotgun proteomics data. Proteomics. 2024.
- De Oliveira A, Cataneli Pereira V, Pinheiro L, Moraes Riboli DF, Benini Martins K, Ribeiro de Souza da Cunha MDL (2016): Antimicrobial Resistance Profile of Planktonic and Biofilm Cells of Staphylococcus aureus and Coagulase-Negative Staphylococci. International Journal of Molecular Sciences 17(9):1423; 2016.
- Martins KB, Ferreira AM, Pereira VC, Pinheiro L, Oliveira A, Cunha MLRS (2019): In vitro Effects of Antimicrobial Agents on Planktonic and Biofilm Forms of Staphylococcus saprophyticus Isolated From Patients With Urinary Tract Infections. Frontiers in Microbiology 2019.
Întrebări frecvente despre cercetarea metabolomică
Ce este microbiomul?
Microbiomul se referă la comunitatea colectivă de microorganisme, inclusiv bacterii, virusuri, fungi și arhee, precum și la materialul lor genetic, care populează un anumit mediu, cum ar fi corpul uman. Acesta joacă roluri esențiale în sănătatea gazdei, influențând metabolismul, funcția imunitară și protecția împotriva agenților patogeni, fiind în același timp modelat de factori precum dieta, stilul de viață și mediul.
Ce este metabolomica?
Metabolomica este studiul cuprinzător al metaboliților, care sunt molecule mici produse în timpul proceselor metabolice dintr-un sistem biologic. Aceasta implică identificarea, cuantificarea și analiza acestor molecule pentru a înțelege funcțiile celulare, căile metabolice și modul în care acestea răspund la modificări genetice, de mediu sau patologice.
Ce este metabolomul?
Metabolomul este setul complet de molecule mici, sau metaboliți, prezente într-un sistem biologic, cum ar fi o celulă, un țesut sau un organism, la un moment dat. Acesta reflectă activitatea biochimică și starea fiziologică a sistemului, oferind informații despre metabolism și interacțiunile acestuia cu mediul.
Hielscher Ultrasonics produce omogenizatoare cu ultrasunete de înaltă performanță, de la scară de laborator la scară industrială.