Fragmentación ultrasónica ADN pa ar secuenciación Nu'bu̲ Xtí generación
Ar secuenciación Nu'bu̲ Xtí generación (NGS) requiere ar cizallamiento ne ar fragmentación fiables ar ADN genómico pa secuenciar ya cadenas ADN genómico ne da t'ot'e bibliotecas genómicas. Fragmentación controlada ar ADN fragmentos ADN ge 'nar bi thogi esencial jar nt'ot'e ar muestra mahyoni 'be̲tho secuenciar ar ADN. Ar ultrasonicación xi demostrado to 'nar técnica xi hño ne ya fiable pa ar fragmentación ar ADN cierta longitud. Ya protocolos ultrasónicos fragmentación ar ADN logran resultados ar fragmentación reproducibles. Ya ultrasonidos Hielscher ya mar tsa̲ ndi producir 'nar nt'ot'e ho 'bui ndunthe gama distribuciones tamaño fragmentos ar ADN genómico, controlables ko precisión a través de ya parámetros funcionamiento. Dado ke ya sistemas ultrasónicos cizallamiento ADN Hielscher gi 'bu̲hu̲ da 'mui pa viales Nthuts'i ne múltiples, nja'bu komongu pa microplacas, ar nt'ot'e muestras bí japi altamente nt'ot'e xi hño.
Ar UIP400MTP Sonicator ar placas Pa ar nt'ot'e muestras mar hñets'i rendimiento, sonica uniformemente ya muestras jar multipocillos, placas ar microtitulación ne ar placas 96 pocillos
- Resultados repetibles yá reproducibles
- ajustable ko precisión da uni 'nar cierta longitud fragmento
- Procesamiento rápido
- resultados consistentes fragmentación ar ADN
- dispositivos pa 'na volumen muestra (nt'udi, varios viales wa microplacas)
- Mar hñets'i rendimiento
- Control preciso ar mpat'i
- Operación simple ne hei ar zu̲di
Secuenciación ar ngäts'i ar generación: fragmentación ultrasónica ADN pa jar nt'ot'e bibliotecas
Pa da t'ot'e 'nar secuenciación Nu'bu̲ Xtí ar generación, ar tsa ga OT'UJE ya hñu pasos hontho (1) mfädi jar biblioteca, (2) secuenciación ne (3) análisis ar datos. Nxoge jar nt'ot'e ar biblioteca, ar ADN bí fragmenta, xu̲ki ya extremos ya fragmentos ar reparan (pulen) agregando 'nar sola base adenina ne ya fragmentos objetivo ar convierten jar ADN bicatenario. Ir último, ya llamados adaptadores ar unen ir nge ya ligadura, PCR wa marcación pa ndi producto final ADN ar biblioteca pa cuantificar ar pa ár secuenciación.
Fragmentación ADN ir nge ya sonicación: Ho̲ntho nu'u̲ nu'bu̲ ya tecnologías ar secuenciación da corta Illumina, ngu nä'ä hingi xi lei hingi hembi da fragmentos ar ADN xí largos, ya soportes ADN tsa fragmentar bí ma 'nar makwäni tamaño nä'ä to da tsoni da ar nt'ot'e fiable ir nge ya ultrasonidos.
Ar ultrasonicación to utilizar ar ar nt'ot'e fiable pa ar fragmentación ar ADN, ar ARN ne ar cromatina.
Secuenciación Nu'bu̲ Xtí generación – Nt'ot'e ar biblioteca
Fragmentación ultrasónica ar ADN ar emplea habitualmente jar nt'ot'e bibliotecas secuenciación ADN plataformas secuenciación 'ra'yo generación (NGS). Nuna ar técnica ar gi japu̲'be̲fi pa romper moléculas ADN jar fragmentos mäs t'olo 'nar rango tamaño deseado, nä'ä mi facilita ya pasos posteriores jar nt'ot'e ar biblioteca. Fragmentación ultrasónica ar ADN suele to mahyoni Nxoge ar etapa nt'ot'e biblioteca ya flujos ar 'be̲fi NGS pa fragmentar ar ADN genómico jar trozos mäs t'olo adecuados pa ar procesamiento ne ar secuenciación posteriores. Desempeña 'nar he̲'mi crucial pa garantizar éxito experimento secuenciación ir nge ar generación fragmentos ADN rango tamaño mfädi pa ar plataforma secuenciación específica nä'ä da gi japu̲'be̲fi.
Análisis electroforético ar ADN genómico ar E. coli EDL933 'na jar ultrasonidos 0 jar 15 min. L indica 'rede ADN. (Basselet et jar el. 2008)
Secuenciación Nu'bu̲ Xtí generación – Pasos ar proceso:
- Fragmentación ultrasónica ar ar ADN: 'Bu̲ 'be̲tho ár nju̲ts'i ar biblioteca, ar ADN genómico ar fragmenta jar xeni mäs t'olo ne manejables. Ar fragmentación ultrasónica implica njapu'befi ya ondas sonoras mextha frecuencia pa tu̲ki ya moléculas ADN jar fragmentos rango tamaño deseado. Nuna bi thogi ar crucial ngetho ayuda garantizar ke ya lecturas ar secuenciación generadas 'mefa pets'i ya longitud adecuada pa ar plataforma secuenciación nä'ä da gi japu̲'be̲fi. Rango tamaño ya fragmentos ar tsa̲ da ajustar ir nge ya requisitos específicos experimento secuenciación.
- Amplificación clonal ya PCR: 'Me̲fa ar fragmentación ultrasónica, ya fragmentos ADN ar someten ja 'nar ma final, ligadura ya adaptadores ne ya amplificación ya PCR da generar ya bibliotecas finales secuenciación ADN. Nuya pasos preparan ya moléculas ar ADN fragmentadas pa ar proceso secuenciación ir nge ar adición ya secuencias adaptadoras ar mahyoni pa ar mfats'i ja ya plataforma secuenciación ne proporcionando sitios ar cebado pa ar amplificación PCR.
- Secuenciación ar ADN ya síntesis: 'Nar pa preparadas ya bibliotecas secuenciación, comienza proceso secuenciación ya síntesis ar ADN (SBS). Nxoge ar SBS, ar secuencia ADN ar determina ir nge ar adición secuencial nucleótidos bí hebra ar complementaria. Nuna bi thogi implica reacciones cíclicas incorporación nucleótidos, imágenes ne escisión, nä'ä mi permite ár njäts'i ya ar secuencia ADN ir nge ya señales fluorescentes emitidas ir nge ya nucleótidos incorporados.
- Secuenciación masiva jar paralelo: Ar bi thogi final, ja ya plantillas ar ADN amplificadas ne segregadas espacialmente ar secuencian simultáneamente ya nt'ot'e masivamente paralela. Nuna ar enfoque secuenciación mar hñets'i rendimiento permite ar generación millones bí miles ar millones lecturas secuenciación ja 'nar sola nt'eni ja ya secuenciación, nä'ä permite 'nar njäts'i nt'ot'e xi hño ne ngut'a ya secuencias ADN.
¿Tema funciona fragmentación ultrasónica ar ADN?
Ar sonicación, 'nehe conocida komongu procesamiento acústico muestras, ge 'nar nt'ot'e ampliamente utilizado pa fragmentar ar ADN. Pa ar cizallamiento ultrasónico ar ADN, ya muestras ar exponen da ondas ultrasónicas jar nkohi controladas. Ar ndui funcionamiento fragmentación ultrasónica ar ADN bí basa ya vibraciones ne ar cavitación generadas ir nge ya ondas ultrasónicas. Ya ndu nzafi ar cizallamiento nä'ä da hneki ar cavitación ultrasónica (acústica) rompen ya moléculas ADN mar hñets'i be̲xu molecular. Ar za ar sonicación, komongu ar intensidad (amplitud, duración), ar modo ar pulsación ne ar mpat'i permite 'nar fragmentación precisa ar ADN asta 'nar determinada longitud deseada ar fragmentos ar ADN. Gem'bu̲ ar ADN tso̲kwa menudo ar reduce da 100 ya 600 pb ir nge ya ultrasonidos, ar xi uni fragmentos ADN mäs largos asta 1300 pb nu'bu̲ ar aplican nkohi ultrasónicas mäs suaves.
Cizallamiento ultrasónico ADN Nxoge ChIP – inmunoprecipitación cromatina
Control mpat'i pa nu'bu ar degradación ar ADN
Ar dets'e molecular doble cadena ar ADN ar na sensible ma temperaturas elevadas, nä'ä control exacto ar mpat'i Nxoge ya pasos nt'ot'e ar muestra ge 'nar factor crucial pa da resultados análisis fiables.
Whether you are using Hielscher’s probe ultrasonicators, the VialTweeter or the UIP400MTP – Ar monitorización ne ar control continuos ar mpat'i gi 'bu̲hu̲ garantizados jamädi 'nar sensor mpat'i enchufable ne da software ar dispositivo inteligente. Pa da zeti ar mpat'i 'be̲di 'nar makwäni rango, to da t'ot'e 'nar límite mpat'i mäs xi ngu ne ya inferior. Da consecuencia, ar ultrasonido bí detendrá ngut'ä ngut'ä Komo ar supere nuna ar límite mpat'i ne continuará sonicando automáticamente nu'bu̲ ar mpat'i xi bajado 'nar ∆ T.
Ar sofisticado software ya ultrasonidos Hielscher garantiza t'ot'e fiable ya nkohi ideales ár nt'ot'e ya muestras.
Fragmentación masiva ar muestras ADN ko ar ultrasonido placa multipocillo UIP400MTP
Ár 'bede ya muestras jar ciencias ar nzaki xi hñuts'i significativamente jar ngäts'i ar década. 'Me̲hna ir bo̲ni ke ar da procesar 'nar 'bede mar na hñets'i muestras (nt'udi, 384, 1536 wa 3456 pocillos ya microplaca) Nxoge ár mfädi ne ár análisis ar muestra jar nkohi consistentemente iguales pa da resultados comparables ne válidos. Ko ar UIP400MTP, Hielscher Ultrasonics te̲ni ar tendencia ar procesamiento masivo muestras. Ar UIP400MTP ge 'nar ultrasonido pa jar nt'ot'e muestras ir nge ya microplacas. Ar UIP400MTP ar tsa̲ da procesar placas ko ar 6, 12, 24, 48, 96, 384, 1536 wa 3456 pocillos. Dependiendo de ar klase ar microplaca, nu'bu̲ pocillo to contener volúmenes muestra de entre decenas nanolitros ne varios ar mililitros. Ampliamente utilizado jar ár nthoni ciencias ar nzaki, ar UIP400MTP ar usa xi comúnmente pa jar nt'ot'e muestras 'bu̲ 'be̲tho ensayos komongu ELISA (ensayo ar inmunoabsorción ligado enzimas) wa PCR, 'be̲tho ar análisis proteínas, nja'bu komongu pa jar nt'ot'e cromatina 'bu̲ 'be̲tho CHiP ne CHiP – seq, identificación nyokwi histonas ne ma'ra tratamientos analíticos (nt'udi, electroforesis jar gel, espectrometría masas).
Mäs ungumfädi dige ar procesamiento mar hñets'i rendimiento placas PCR.
VialTweeter pa jar nt'ot'e muestras asta 10 viales
Ar VialTweeter ge 'nar ultrasonido laboratorio ampliamente utilizado da permite ar sonicación xi hño ne ya cómoda asta 10 viales simultáneamente. Dado ke ya viales ne ya tubos ensayo (nt'udi, viales Eppendorf, viales criogénicos, tubos ar centrífuga) bí someten bí sonicación ar indirecta, ar evita 'na contaminación cruzada. Dado ar suministra ar xkagentho intensidad ultrasonido ya muestra, nga̲tho ya resultados ar sonicación ya homogéneos ne ya reproducibles. Ar VialTweeter ofrece ga̲tho ya 'befi inteligentes komongu HMUNTS'UJE ma 'ra dispositivos digitales (nt'udi, menú inteligente, configuraciones programables, control ar mpat'i, control remoto, etcétera) pa garantizar ar máxima comodidad ar usuario.
Sondas multidedo pa placas micropocillos
Da 'mui da homogeneizadores ar sonda ultrasónica UP200Ht ne UP200St, ya sondas multidedo ko 4 wa 8 dedos ge 'nar opción cómoda pa sonicar ndunthe ya muestras jar xkagentho ar pa ja da ehese̲ ya nkohi. Ngu, sonotrodo MTP – 24 – 8 – 96 ge 'nar sonda ar hñäto ya dedos, nä'ä ar ideal pa ar integración sistemas automatizados wa jar nt'ot'e manual nt'ot'e xi hño muestras ya pocillos placas pocillos múltiples. Sonotrodo multidedo ar ideal pa ar automatización laboratorios, ho bí procesan principalmente ya Baso ya precipitados ne tubos ensayo utilizando 'nar sonotrodo ultrasónico estándar. Ya sondas estándar ne varios dedos xi intercambiar ar rápidamente jar pocos ya t'olo ora, transformando ultrasonido 'nar sola sonda ja 'nar disruptor ultrasónico múltiples ar sondas.
Ultrasonidos ar Hielscher pa ar fragmentación ar ADN
Hielscher Ultrasonics ofrece ndunthe plataformas nthe jar ultrasonidos pa ar fragmentación ar ADN, ar ARN ne ar cromatina. Gi Bu̲i plataformas incluyen sondas ultrasónicas (sonotrodos), soluciones sonicación indirecta pa jar nt'ot'e simultánea muestras múltiples tubos wa placas varios pocillos (nt'udi, placas ar 96 pocillos, placas microtitulación), sonorreactores ne cuphornes ultrasónicos. Ga̲tho ya plataformas pa ar cizallamiento ar ADN gi impulsadas ya procesadores ultrasónicos mar hñets'i ar rendimiento ne ar frecuencia ajustada, ar xi controlar ko ya precisión ne ofrecen resultados reproducibles.
Procesadores ultrasónicos pa 'na ya 'bede ne tamaño muestra
With Hielscher’s multi-sample ultrasonicators VialTweeter (for up to 10 test tubes) and UIP400MTP (for microplates/ multiwell plates) it becomes easily possible to reduce sample processing time due to intense and precisely controllable ultrasonication whilst obtaining the desired DNA fragment size distribution and yield. Ultrasonic DNA fragmentation makes sample preparation efficient, reliable and scalable. Protocols can be linearly scaled from one to numerous samples by applying constantly controlled ultrasound.
Probe ultrasonicators with one to five fingers are ideal for the preparation of smaller sample numbers. Hielscher’s laboratory ultrasonicators are available at various sizes so that we can recommend you the ideal device for your application and requirements.
Control preciso ar proceso
Precisely controllable sonication settings are crucial since exhaustive sonification can destroy DNA, RNA and chromatin, but inadequate ultrasonic shearing results in too long DNA and chromatin fragments. Hielscher’s digital ultrasonicators can be easily set to precise sonication parameter. Specific sonication settings can be also saved as programmed setting for fast repetition of the same procedure.
Ga̲tho ya sonicaciones bí protocolizan ar automáticamente ne ar almacenan komongu archivo CSV 'na jar tarheta SD incorporada. 'Me̲hna permite 'nar documentación precisa ya ensayos realizados ne permite da hingi hembi da hnu ya tiradas sonicación.
A través de ar control remoto ar navegador, nga̲tho ya ultrasonidos digitales xi 'ye̲ ar ne supervisar ar a través de 'na navegador estándar. Hingar mahyoni ar instalación software adicional, ya da 'nar conexión LAN permite 'nar configuración plug – n – play xi sencilla.
Máxima facilidad njapu'befi jar nt'ot'e muestras ya ultrasonidos
Ga̲tho ya ultrasonidos Hielscher gi 'bu̲hu̲ diseñados pa proporcionar ultrasonidos mar hñets'i rendimiento, komongu ar xkagentho pa xi fáciles zu̲di ne ya 'ye̲. Ya ajustes gi 'bu̲hu̲ xi hño estructurados ja 'nar menú xí nzi, nä'ä ar tsa̲ da acceder hingi hembi da a través de 'nar pantalla táctil ya njät'i wa 'nar mando ya mbi ar navegador. Software inteligente ajustes programables ne registro automático datos garantiza 'ra ajustes ar sonicación óptimos pa da resultados fiables ne reproducibles. Interfaz menú, limpia ne hei ar zu̲di, bi pa̲ti ja ya ultrasonidos Hielscher jar dispositivos fáciles ar zu̲di ne eficientes.
Xtí tabla bí xta ar 'nar indicación ya mfeni ya procesamiento aproximada ar HMUNTS'UJE ultrasonidos ar laboratorio, ne ya ideales pa tareas nt'ot'e muestras komongu ar fragmentación ADN ne ARN, ar lisis ar celular ne ar extracción proteínas:
| Dispositivo | Nts'edi [W] | Ar klase | Volumen [mL] |
|---|---|---|---|
| UIP400MTP | 400 | pa microplacas | 6 – 3456 me̲he̲ | VialTweeter | 200 | pa ga 10 ar viales mäs posibilidad pinza | 0.5 – 1.5 |
| UP50H | 50 | ar klase ar sonda | 0.01 – 250 |
| UP100H | 100 | ar klase ar sonda | 0.01 – 500 |
| UP200Ht | 200 | ar klase ar sonda | 0.1 – 1000 |
| UP200St | 200 | ar klase ar sonda | 0.1 – 1000 |
| UP400St | 400 | ar klase ar sonda | 5.0 – 2000 |
| Cuphorn | 200 | CupHorn, sonoreactor | 10 – 200 |
| GDmini2 | 200 | Célula flujo dí contaminación |
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Ar xe̲ni nt'ot'e ultrasónica múltiples muestras VialTweeter Permite sonicación simultánea asta 10 viales. Ko ar dispositivo pinza VialPress, ar xi presionar asta 4 tubos Nthuts'i jar xeni delantera pa 'nar sonicación intensa.
Sonotrodo MTP – 24 – 8 – 96 mä ar hñäto sondas ultrasónicas da sonicación yá pocillos ya placas microtitulación.
Bibliografía yá Referencias
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Datos da Bale ar penä ga pädi
¿Temu̲ ar secuenciación Nu'bu̲ Xtí generación?
Ar secuenciación Nu'bu̲ Xtí generación, 'nehe ár secuenciación Nu'bu̲ Xtí generación (NGS), secuenciación mar hñets'i rendimiento wa ar secuenciación ñoho ar generación, ar refiere bí enfoque ar secuenciación masiva jar paralelo, ho cantidades ar na dätä () masivas) ar ADN millones fragmentos ar secuencian simultáneamente jar paralelo ya nt'ot'e.
Pa da t'ot'e 'nar secuenciación ya 'ra'yo generación, ar xi seguido ya hñu pasos hontho ar
- nt'ot'e ar biblioteca
- secuenciación, ne
- análisis datos
ya obligatorios.
Nxoge jar nt'ot'e ar biblioteca, ya hebras ADN tsa fragmentar ar jar fragmentos ADN cierta longitud. Ar sonicación ge 'na ya técnicas preferidas pa fragmentar ar ADN.
Nxoge ar proceso secuenciación ar ADN, ar teni ya nucleótidos ar ADN – conocida komongu secuencia ácido ar nucleico. Secuencia ácido ar nucleico bí compone ar goho bases nucleótidos: adenina, citosina, guanina, timina – Temu̲ código pa ar ungumfädi.
Ar secuenciación Nu'bu̲ Xtí ar generación xí impulsando ár nthoni ciencias ar nzaki ne 'ñithi personalizada, ya da secuenciación ya ADN ne ya ARN ar usa xingu ja ár nthoni genómica, ár nthoni ar cáncer, ár nthoni enfermedades raras ne complejas, ár nthoni microbiana, ár agrigenómica ne xingu ya campos nthoni.
Secuenciación Nu'bu̲ Xtí generación hä secuenciación Sanger
Mente da secuenciación Nu'bu̲ Xtí generación (NGS) ko ar tsa̲ ga secuenciar 'nar Nar dätä hño 'bede ya muestras genómicas, ar secuenciación Sanger ('nehe conocida komongu ya nt'ot'e ár terminación ar cadena wa secuenciación ndui generación) ho̲ntho pe̲ts'i mfeni ya secuenciar 'nar 'bede pequeño ya muestras. Secuenciación Sanger Honto secuencia 'nar Honto fragmento ADN la tso̲kwa xähmä ne ar tsa̲ da dähä jar Honto 'nar pa. Nu'bya ár precisión ar secuenciación Sanger 'nehe nu'u̲ t'uni ar tecnología referencia, ne bí gi japu̲'be̲fi pa gí hñeti ha ya resultados obtenidos ya secuenciación Nu'bu̲ Xtí ar generación.
Secuenciación Sanger alcanza longitudes da aproximadamente 800 pb (normalmente 500 – 600 pb ko ADN hingi enriquecido). Ya longitudes pa da mäs largas jar secuenciación Sanger muestran ventajas significativas dige ma'ra ya nt'ot'e secuenciación, hontho jar ngäts'i ar secuenciación regiones repetitivas ar genoma. 'Nar desafío ya datos secuencia da corta ar particularmente 'nar hñäki jar secuenciación ya 'ra'yo genomas (ar novo) ne jar secuenciación segmentos ar genoma ar altamente reorganizados, nu'bu̲ da nthe̲hu̲ 'ra ya mi handi ja ya genomas cáncer wa regiones cromosomas da exhiben variación estructural. [cfr. Morozova ne Marra, 2008]
ADN – Ácido desoxirribonucleico – Yá formas ne ya 'befi
Kadu ar nt'ot'e ADN pe̲ts'i características ne aplicaciones únicas, nä'ä contribuye 'nar nthegi xi hño. espectro campos nthoni, komongu ar oncología, ar genética, ar ciencia ar forense ne ar biología evolutiva. Ya sonicadores Hielscher ya 'nar njäts'i xi nt'ot'e xi hño ne ya fiable pa aislar ne fragmentar ADN ne ARN ko ar ngäts'i ar análisis. Ar Xtí Nthuts'i, explicamos ya formas específicas ADN ne da categorizamos ir nge ár contexto biológico ne ya 'befi:
- ADN genómico (ADNg)
ADN genómico (ADNg): Conjunto completo ar ADN ja 'nar organismo, da 'ñent'i tanto ya regiones codificantes (genes) ngu ya hingi codificantes. - ADN extracelular
ADN tumoral circulante (ADNct): Fragmentos ar ADN liberados ar torrente sanguíneo ir nge ya células tumorales.
ADN mpe̲fi células (cfDNA): Fragmentos ADN da circulan nthegi jar torrente sanguíneo, procedentes yá tejidos. - ADN circular extracromosómico (eccDNA): Moléculas circulares ar ADN nä'ä 'bu̲i 'bu̲ ya cromosomas jar células ya eucariotas.
ADN viral: ADN procedente virus, ya da integrado ar genoma ar huésped wa komongu ADN episomal. - ADN mitocondrial
ADN mitocondrial (ADNmt): ADN localizado ja ya mitocondrias, heredado ya vía nänä, ne ya implicado jar producción energía. - ADN plasmídico
ADN plasmídico: T'olo moléculas circulares ar ADN bí replican ar independientemente ar ar ADN cromosómico, 'bu̲i comúnmente jar ya bacterias ne utilizan jar ingeniería genética. - ADN nuclear
ADN nuclear (ADNn): ADN contenido ja ar núcleo ja ya células eucariotas, da comprende ar dätä xe̲ni he̲'mi genético 'nar organismo. - ADN unicelular
ADN unicelular (scDNA): ADN extraído sola 'nar célula, utilizado pa ar análisis genómico detallado a nivel de célula 'natho. - ADN recombinante
ADN recombinante (ADNr): Moléculas ar ADN formadas ir nge ar laboratorio recombinación genética pa reunir he̲'mi genético múltiples ya 'mui mbo. - Formularios mfädi
ADN ambiental (eDNA): ADN recogido ar muestras ambientales (ha̲i, ar dehe) hinda aislar ya Hmunts'i fuente
ADN antiguo (adNa): ADN extraído ar especímenes antiguos, da proporciona ungumfädi dige ar biología evolutiva ne ya poblaciones mahä'mu̲. - ADN cromosómico
ADN cromosómico: ADN da constituye ya cromosomas mbo ja ar núcleo ar célula, abarcando tanto regiones codificantes komongu hingi codificantes. - Formas virales ne sintéticas
ADN viral: ADN derivado ar virus, nä'ä to integrar ar ja ya genomas ar huésped wa existir komongu entidades independientes.
ADN sintético: Secuencias ar ADN sintetizadas artificialmente creadas a través de procesos químicos, tso̲kwa menudo utilizadas nthoni ne biotecnología.
Hielscher Ultrasonics fabrica homogeneizadores ultrasónicos mar hñets'i rendimiento ma partir ar laboratorio Pa tamaño industrial.